本文在研究设计上把理论研究与实证分析、定性研究与定量研究紧密地结合起来；在研究方法上综合运用文献法、深度访谈、问卷调查和统计资料法等多种研究手段；在调查资料分析处理中采用了隶属度分析、相关分析、辨别力分析、聚类分析、判别分析、回归分析和因素分析等不同的方法。研究成果，对推进我国区域创新体系建设和提高区域自主创新能力具有理论与实际意义。 第一章，从我国经济发展及其制约瓶颈、自主创新与自主创新能力分析两个层面，讨论了论文的研究背景，探讨了基于自主创新的我国区域创新体系建设的主要功能。结合《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》阐述了论文的研究意义，并扼要地分析了研究思路和主要内容。 第二章，从区域创新系统的内涵与分类、区域创新系统的参与主体、区域创新系统的结构要素、区域创新系统的环境，以及区域创新系统的政策等五个方面，对国内外在区域创新系统研究领域的文献进行了系统的回顾与评述，探讨了对我国区域创新系统理论研究及实践的借鉴意义。 第三章，在清晰地界定区域自主创新能力的内涵与结构要素的基础上，遴选了90个评价指标构成了我国区域自主创新能力的理论评价指标，采用隶属度分析、相关分析和辨别力分析等方法对理论评价指标进行了多重的实证筛选，构建了包括自主创新投入能力、自主创新支撑能力、自主创新管理能力和自主创新产出能力四个评价模块25个评价指标的我国区域自主创新能力的评价指标体系。 第四章，以建立区域自主创新能力评价指标体系为工具，运用层次分析方法，对我国30个省级行政区域的自主创新能力进行了实际测度与比较分析。采用聚类分析方法，以区域自主创新能力25个评价指标为聚类准则，对我国30个省级行政区域进行聚类分析，并采用判别分析的方法，建立了我国区域自主创新能力的判别函数。在实证调查的基础上，采用因素分析的方法，研究得到了影响我国区域自主创新能力的四个主要因子：区域创新服务、区域创新人才资源、区域创业投资和区域创新法规政策，并分析了基于自主创新的我国区域自主创新体系建设的框架体系。 第五章，对基于自主创新的我国区域创新体系建设的指导思想和基本原则、建设思路和建设内容、建设重点和建设目标等进行了总体设计。紧密结合浙江经济、科技和社会的发展特点，提出了浙江区域创新体系建设的重点任务，即三大布局(原创性科研布局、产业科研布局、企业研发布局)、三大平台(创业孵化平台、科技条件共享平台和中小企业投融资平台)和一个高新区(杭州国家高新技术产业开发区)的建设，并将浙江区域创新体系建设划分为创立、成长和成熟三个基本阶段，研究确立了浙江区域创新体系建设在创立阶段和成长阶段的22项具体指标。 第六章，分析了我国创新服务机构的发展现状与存在问题，研究提炼了发达国家创新服务机构的发展特点及其中国的借鉴作用。从基本原则和建设内容两个方面，探讨了基于自主创新的我国区域创新服务体系建设的系统设计思路。以实证调查为基础，深入地分析了浙江创新服务机构的发展障碍及其对政府的需求，进而研究确定了加快浙江区域创新服务体系建设的六项对策措施。 第七章，考察了我国人才资源总量与配置的特点，采用相关分析方法，研究了我国30个省市R&D活动人员总量与区域自主创新能力之间的相互依存关系。采用曲线估计方法，研究了R&D活动人员总量对区域创新自主创新能力的作用，并建立了回归分析模型。在借鉴国外人才资源开发的经验基础上，提出了基于自主创新的我国区域创新人才资源开发体系建设的重点工作。结合浙江省的实际，研究提出了加快浙江区域创新人才资源开发体系建设的对策措施。 第八章，以自主创新的风险分析为基础，考察了创业投资对自主创新的作用过程与作用机理。采用因素分析方法，研究归纳了制约我国创业投资发展的主要障碍因素。在对浙江省创业投资发展现状进行深入细致的分析基础上，提出了基于自主创新的浙江区域创业投资体系建设的思路和对策。 第九章，以对我国科技投入的总量与结构分析为基础，采用GrangerCausality检验法和回归分析法，研究了我国R&D投入与发明专利授权量之间的因果关系，构建了广义的回归分析模型，提出了强化我国科技投入的政策措施。在深入的理论分析与实证调查基础上，提出了基于自主创新的我国金融法规政策体系、政府采购制度和知识产权保护制度建设的思路与对策。 最后一章，总结了本研究所取得的主要成果、主要创新点，以及研究的不足之处和值得深入研究的几个问题。