2010年登革病毒流行株型别鉴定及DENV-4毒株全基因组序列分析

来源 :广州医学院 广州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dufuyan
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登革热是通过伊蚊传播的一种急性传染性疾病。按血清型别分类,DENV有四个血清型,分别为DENV-1、DENV-2、DENV-3及DENV-4。登革热在全球的主要流行区域为热带、亚热带地区。全世界范围内,有一百多个国家出现过登革热流行,约有25亿人的健康受到登革热威胁,每年新发感染病例上亿人,当中需要住院治疗的重症患者约50万,约有2.5万死亡病例。而我国,登革热主要流行于南方沿海地区,以广东的登革热疫情最为严峻。在广东,近乎每年均有病例报道,而且四种登革病毒均有过流行,其中广州是登革热的高发病率城市。自1995年以来,DENV-1为广东登革热主要流行毒株,但是2009年发生了DENV-3流行,说明近年来流行于其他国家和地区特别是东南亚地区其他血清型别的登革病毒有向广东省输入的趋势。由此,关注临床登革热病例特点、分离登革病毒株并分析其病原学特征,对于全面阐述广东登革热疫情的流行趋势及特征、病原体的来源和登革热防治等都具有重大意义。  研究对象:  广东省广州市第八人民医院2010年8~12月间收治的登革热病例。  研究目的:  对2010年8~12月流行的登革病毒株进行血清型别鉴定,对培养分离新获得的登革病毒株全基因组序列,进行进化树分析,了解2010年登革流行病例的病原体及其基因组特点,以明确广州登革热的分子流行病学特点。  研究方法:  1.收集47例登革热患者的病例资料,检测47例登革热患者急性期和恢复期的血清登革IgM及IgG抗体。  2.提取早期血清中病毒RNA,逆转录为cDNA,nest-PCR扩增C-prM区,PCR产物测序后进行DNA序列比对分析,确定登革病毒的血清型。  3.用C6/36细胞培养分离一名DENV-4感染患者的急性早期血清中的登革病毒。  4.使用PCR DESIGN及DNAclub软件,设计扩增登革病毒全基因组序列的10对PCR引物,通过RT-PCR扩增后进行基因序列测定,同时利用生物信息学相关知识对测序结果进行分析。  研究结果:  1.47例登革热病例中,输入病例占12.8%,其余81.2%的病例为本地流行病例,结合患者的临床、实验室资料,及登革病毒特异性抗体检测结果(47例患者急性期IgM均为阳性、IgG阴性;恢复期IgM均为阴性、IgG阳性),均为登革热确诊病例。  2.20例患者 PCR阳性,经电泳分析PCR产物后,14例出现大小为392bp的特异性片段,6例扩增出119bp大小的片段。经测序鉴定PCR产物进一步证实分别为DENV-4和DENV-2感染,前者全是本地感染病例,后者有输入病例(2例)及本地病例(4例,均发生在输入病例之后)。  3.用C6/36细胞成功从其中1名DENV-4患者急性期的早期血清中分离出登革病毒株,经全基因组序列测定,广州DENV-4株全长10631bp,构建进化树后分析证实此病毒株为登革4型病毒基因亚型Ⅱ毒株,与印度尼西亚的病毒株同源性最高。  4.与目前我国最早于1978年分离出的登革4型病毒基因亚型Ⅱ毒株相比,广州2010年登革4型病毒株发生了碱基变异586个,氨基酸变异100个。  结论:  1.2010年8~12月广州以DENV-4流行为主,且是本地流行;同时有DENV-2感染病例,输入病例的发生先于本地病例。  2.2010年流行于广州的登革4型病毒经进化树分析与印度尼西亚毒株同源度最高,提示广州的DENV-4可能来源于印度尼西亚。与1978年的广东毒株属于同一个基因亚型但同源性不高。
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