目前我国高科技企业生态系统运行机制中存在着诸如管理部门分割,缺乏有效的协调机制;重大战略性技术研发和产业化的机制缺失;国内资本市场不完善,融资渠道单一,缺乏支持企业自主创新的金融环境等问题。我国企业生态系统的研究历史较短,特别是对于高科技企业生态系统的发展和演进的研究,不少研究只是简单重复国外理论,自身创新很少。借鉴国外的经验,发掘高科技企业生态系统的成长轨迹与演进机理,对促进现有高科技企业生态系统层次提升、促进系统持续成长、提高发展中国家高科技企业生态系统的成长与发展具有重要意义。对高科技企业生态系统现象及其形成演进规律的探索,特别是运用生态学的相关理论进行研究,可以拓展经济学对高科技企业生态系统的解释,丰富产业组织理论空间,完善高科技企业生态系统发展的理论体系。本文立足于高科技企业生态系统所表现出的系统复杂性,借鉴系统动力学、博弈论和灰色系统理论等领域的研究成果,对高科技企业生态系统的内涵、高科技企业生态系统运行机制的构成、高科技企业生态系统健康运行的评价等各方面进行了研究,以期对解决我国高科技企业生态系统发展中遇到的问题有所借鉴。本文首先对国内外学者相关理论研究现状进行了梳理,指出高科技企业生态系统是一个典型的复杂系统,然后介绍了高科技企业生态系统的基本理论,为本文的后续研究搭建基本的理论框架。本文提出了高科技企业生态系统运行机制的构成。深入分析了高科技企业生态系统的资源供给机制与催化与需求机制、高科技企业生态系统协调机制,包括高科技企业生态系统知识共享机制、高科技企业生态系统合作信任机制、高科技企业生态系统利益分配机制、高科技企业生态系统治理机制。本研究认为在高科技企业生态系统中系统成员的利益分配机制是系统健康运行的关键,论文应用博弈理论中的Nash均衡及其合作改进研究了处于平等地位下的高科技企业生态系统中两企业合作进行知识创新的收益分配机制,并对创新系数及创新性成本进行了灵敏度分析。研究结果表明,采取合作策略不仅可以达到Pareto改进目的,抵制败德行为,还能更有效的巩固成员企业的合作关系,使系统向着良性方向发展,这对高科技企业生态系统实际运行中的相关战略及分配策略的制定具有一定借鉴意义。创新能力较为悬殊的企业之间采取平等合作策略在一定程度上影响创新能力强企业积极性的更大的发挥,说明在能力悬殊企业间进行合作还需要研究更有效的合作形式。在知识经济时代,高科技企业生态系统面临的核心挑战是随着系统形成和实施其战略决策而获得个人积极的和自愿的合作。当成员感到系统中的战略决策程序公平时,他们在信任和承诺态度的基础上显示出高度的自愿合作。相反地,当他们觉得程序不公平时,他们就用隐藏思想、拖延构思来拒绝合作。本文对高科技企业生态系统的自组织演化机制进行了分析。高科技企业生态系统复杂性的集中表现就是该系统的自组织演化,首先对高科技企业生态系统自组织演化的基本规律进行了描述,然后应用系统动力学的方法和基本原理,对高科技企业生态系统的自组织演化过程进行了因果反馈关系分析,以Kolmogorov模型和Lotka-Volterra模型为基础,建立了由多个企业主体组成的协同竞争系统自组织演化的Logistic动力学模型,并以包含两个高科技企业主体的系统为基础,对模型的结构和稳定性进行了分析,最后对不同情况下两个高科技企业主体的自组织演化结果进行了系统仿真,并对结果的产生原因进行了分析,得出了相应的重要结论。本文最后对高科技企业生态系统运行机制健康状况进行模糊综合评价,分析了高科技企业生态系统运行机制健康状况评价的必要性,提出了高科技企业生态系统运行机制健康状况评价指标体系,以模糊数学为基础,结合实例对高科技企业生态系统运行机制的健康状况进行了评价。文中所建立的方法对于把握高科技企业生态系统的健康运行规律具有一定意义。