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本文利用液相色谱质谱分析蓝藻的光合作用甘油酯和土壤中的四醚膜类脂。第一部分利用二维(正相和反相)液相色谱在线耦合飞行时间质谱检测了Synechococcus sp. PCC7002中的五类光合作用甘油酯：GlcDG、MGDG、DGDG、PG和SQDG等100多种,探讨了它们在Synechococcus sp. PCC 7002中的含量变化规律。二维液相色谱在线耦合飞行时间质谱实现了MGDG和GlcDG同分异构体的分离,探讨了GlcDG、MGDG、DGDG、PG和SQDG甘油酯的保留时间规律。新发现并鉴定了十多种含奇数脂肪酸的甘油酯,研究了这些新鉴定化合物的质谱裂解规律。蓝藻光合作用甘油酯分析方法的研究,将为了解蓝藻光合作用机理和过程,研究蓝藻水华现象的发生和控制提供技术支撑。论文第二部分利用3根硅胶色谱柱串联,高效液相色谱串联大气压化学电离源质谱分析了土壤中的四醚膜类脂,实现了5-甲基和6-甲基bGDGT位置异构体的有效分离,减少了同分异构体和部分未知物的共流出问题。对比氰基色谱柱和串联硅胶色谱柱分离GDGT方法获得的数据,发现,GDGT-Ⅲa总量相似。串联硅胶柱测得的GDGT-Ⅰa和GDGT-Ⅱa总量偏低。串联硅胶柱分析古气候、古环境指标MBT和MBT’的结果与氰基柱的基本一致,利用串联硅胶色谱柱获得的TEX、86、CBT指标偏高,但BIT指标偏低。青藏高原的几个土壤中MBT硅胶柱与年均温不相关,而MBT5ME与年均温正相关,MBT6ME与pH线性负相关。四醚膜类脂的分析测试方法的研究是利用四醚膜类脂重建过去的气候变化,预测未来气候变化的基础。