我国目前处于新发展阶段,高质量发展亟待提升。在全面创新的大环境下,企业成为技术创新的重要载体。由于技术创新需投入大量的研发经费,且研发过程具有复杂性,一旦研发经费无法得到合理使用,企业将面临重大损失。并且在复杂的金字塔结构下,终极股东对企业创新活动有着怎样的行为方向,这一问题值得我们进行深入研究。因此,基于终极控制结构视角,分析研发投入是否影响以及如何影响企业绩效,对企业能够稳定发展具有重要意义。本文基于2012-2019年创业板上市公司的相关数据。首先,基于对研发过程的特征进行分析,将研发投入的发展过程进行阶段划分,对各阶段研发投入的特征进行对比分析;其次,利用多指标面板数据因子分析计算企业绩效综合指数;最后,对上市公司研发投入对企业绩效的时滞效应进行研究,并且探索研发投入是否会随终极股东的加入而改变对企业绩效的影响方向。本文得出以下点结论:第一,当期研发投入反向降低公司绩效水平。当期创新支出反向作用于绩效,即当期创新活动使绩效降低;当期创新支出对绩效增长水平有较弱的负向影响,即当期创新活动使绩效增长水平降低。第二,研发投入对绩效存在滞后效应,最长滞后期为四期。在创新支出如何延迟影响绩效综合水平的具体分析中,滞后一期的创新支出是反向压制当期绩效增长的,滞后三期和滞后四期的创新支出均表现出正面提高绩效;在创新支出如何延迟影响绩效增长水平的具体探讨中,滞后一期的创新支出反向压制绩效增长水平,滞后二期至滞后四期的创新支出的正面增长效率是逐渐递增的。第三,研发投入对公司绩效存在“U”型的非线性影响。研发投入的二次项正向影响绩效的变化,且滞后一期研发投入的二次项也是正向影响绩效的变化,即创新支出以“U”型规律作用于绩效。第四,基于对全样本的分析,现金流权、控制权显著同向推动绩效的增长,且现金流权、控制权缓解了创新支出对绩效的压制,两权偏离度不改变创新支出对绩效的压制;基于对存在控制权与现金流权分离的样本的分析,两权偏离度缓和了当期和滞后一期创新支出对绩效的压制。最后,根据研究结论,并参考相关文献,本文提出如下对策建议:加强对企业研发过程的了解,保障研发资金和技术人员的连续性;优化公司股权结构,深化对终极控制人的监督管理体制;营建优良的创新氛围,鼓励企业创新。