农村合作医疗是政府组织、引导和支持，农村居民自愿参加，集体和政府多方筹资为主要内容的农村医疗互助共济制度。它是政府不断努力解决“三农”问题，构建和谐社会背景下出台的一项重大的惠农政策，其目标是减少农村居民的“因病致贫”和“因病返贫”。作为中国反贫困工作中的重要组成部分，合作医疗建设的好坏，关系到我国社会主义新农村的建设和进程，也是全面建设小康社会的必然要求。2003年农村合作医疗试点工作取得成效后在全国大力推广，2007年全国农村平均参合率达到82.83％，参合人数为7.26亿，五年时间里初显成效。同时，农村合作医疗运行中各方面的问题慢慢凸显出来，效率低下和不公平现象尤为严重。鉴于此，本文把农村合作医疗效率和公平性作为出发点，分析效率和公平性的现状及成因。 研究表明，目前我国农村合作医疗效率低下和不公平现象并存。农村卫生资源配置不均衡，供求矛盾加大，医疗服务可及性差；筹资方式的不合理设计，使政府导向偏差和调控职能不到位，影响农民的参合积极性；“大病补偿为主”的方式，受益面较窄；再加上国家、医疗机构和个人三者的利益博弈，信息不对称使制衡机制效果不明显，以上方面都造成合作医疗效率低下。同时，资源分布的不均衡，导致农村卫生服务利用水平和垂直不公平，城市居民受保障的人口数量、质量和受保障范围明显高于农村，城乡差距越来越大。农村合作医疗效率和公平性问题能否得到及时解决，关系国计民生。所以，本文运用效率和公平理论及常用的分析指标，结合实际，从这两个角度进行分析、完善，并提出相关的政策建议。