鳄蜥(Shinisaurus crocodilurus)俗称大睡蛇、落水狗、小五爪金龙,是第四纪冰川末期残留在我国华南地区的原始爬行动物物种,是我国Ⅰ级保护动物,1989年被列入CITES附录Ⅱ中。由于受到人类的猎杀和生境破碎化的影响而处于濒危边缘。为了保护这一物种,了解鳄蜥养殖群体的遗传多样性,完善饲养鳄蜥种群的遗传管理,本研究用微卫星标记对鳄蜥饲养种群的父权关系和遗传多样性展开研究。通过比较鳄蜥唾液样品DNA与组织样品DNA浓度与PCR扩增效果,发现两者没有明显差别,证明唾液样品可以用于鳄蜥的分子遗传学研究。非损伤性取样法有高灵敏性、操作方便、对动物无损伤等特点,解决了珍稀濒危动物的取样难题。应用12对微卫星引物对127只鳄蜥进行遗传分析,在12个微卫星位点上共检测到52个等位基因,微卫星等位基因数在2-13个之间,其中EX10位点检出的等位基因位点数最多,有13个,平均等位基因数为5.17。各个位点的平均杂合度为0.5412,12个微卫星位点的平均多态性值为0.5398,证明12个微卫星的多态性比较高,具有丰富的遗传多样性,能够在分子水平上反应鳄蜥的遗传关系。12个位点的非父排除概率在0.5-0.963,计算这12个位点的累积频率,达到了亲子鉴定非父排除率不低于99%的标准,这12个位点足以对鳄蜥进行亲子鉴定,结果可靠。利用这12个微卫星对16窝鳄蜥进行父权鉴定,16窝中有两窝的子代数只有两个不能用来计算多父权比率,有6窝出现了基因型差异,证明存在有一个以上的生物学父亲,存在多父权,多父权的比率为42.8%。为了有效的保护鳄蜥这一濒危物种,应当建立它的遗传谱系,来避免或减少近亲交配,保持种群的遗传多样性。