DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。猪作为一种重要的农业经济动物和医学动物模型,有其独特的生物学特性、经济学价值和医学价值。从全基因组水平研究猪不同组织基因组DNA甲基化差异,以此为猪基因组的甲基化研究以及医学研究积累数据,同时也为畜禽功能基因组研究提供参考资料。本研究以6头成年DLY猪的皮下外层脂肪、皮下内层脂肪、肌间脂肪、大网膜、小网膜、板油、背最长肌和腰大肌为试验材料,进行了不同组织DNA甲基化差异的研究。获得的主要结果如下:1、应用甲基敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术,选择20对引物组合,检测和分析了8个组织基因组在CCGG位点的甲基化状态,共得到扩增条带约七千余条。结果表明:这些组织的甲基化程度大多在14%～27%之间;脂肪组织的甲基化程度高于肌肉,两者之间差异达到极显著(P＜0.01)。2、背最长肌、腰大肌、皮下外层脂肪、皮下内层脂肪、肌间脂肪、大网膜、小网膜、板油平均的甲基化水平约分别为15.85%、17.07%、22.46%、19.53%、21.08%、18.73%、18.01%、23.25%。其中全甲基化位点约分别为6.91%、7.48%、9.33%、8.35%、9.37%、8.26%、7.43%、10.02%,半甲基化位点约分别为8.94%、9.59%、13.13%、11.18%、11.71%、10.47%、10.58%、13.23%。8个组织都表现半甲基化位点数高于全甲基化位点数。3、不同性别间、不同组织间甲基化的最小二乘均值及多重比较发现:总甲基化、全甲基化和半甲基化在性别间差异均不显著,但公猪的甲基化含量较母猪高;脂肪与肌肉组织间以及6个脂肪组织之间的差异较复杂,分别在总甲基化间、全甲基化间以及半甲基化间均达到显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01);腰大肌甲基化水平略高于背最长肌,但二者差异不显著。推测这种甲基化的组织特异性现象可能与组织较复杂的生物学功能以及发育有关,作为能量储存和内分泌的脂肪组织的甲基化尤其复杂,这种较复杂的甲基化差异可能与脂肪细胞增殖分化所受到的复杂的调控有关。4、腰大肌与背最长肌相比,具有相对丰富的2a、2x型纤维和较少的2b型纤维,同时腰大肌具有较高的总甲基化含量、全甲基化含量和半甲基化含量,由此推测可能是较高水平的甲基化抑制了MyHC2b在腰大肌组织中的表达;相同组织间比较显示MyHCI在母猪腰大肌和背最长肌中的表达量均高于公猪,MyHC2x在公猪腰大肌的表达量显著高于母猪(P＜0.05),这或许跟公猪有较高的甲基化含量有关,MyHCI在公猪肌肉组织的表达受到了抑制。至于甲基化是如何参与肌肉的发育和肌细胞生成素基因的精确调控的尚需进一步研究证明。