营业税和增值税两税并存的格局下,产生了重复征收、税负不公、税收负担重的问题,阻碍了第三产业的发展,不利于我国税制的进一步完善。为实施结构性减税,统筹国家、社会、企业、个人等各方面利益,《营业税改增值税方案》先在上海试行,后推行至全国。交通运输业的运输工具购置金额占该行业生产要素成本比重很大。“营改增”的实施,直接影响企业税负的大小,从而影响其技术改造、运输设备和固定资产的更新工作,最终作用于企业的财务绩效。本文从税收中性理论和税制优化理论的角度出发,阐述了进行税制优化改革的必要性。同时以“营改增”的实施为政策背景,以沪深两市交通运输业上市公司为研究对象,分析两税更替的宏观政策对企业税收负担的微观影响,检验“营改增”的实施对公司经营绩效的作用,由此为改善税收困顿、完善税制、构建和谐利益分配方案和促进第三产业健康发展提供建议。通过比较分析和实证分析,发现:“营改增”增加了交通运输行业上市公司的税负,降低了其财务绩效水平;“营改增”后,原料性进项税额抵扣效应与企业财务绩效呈正相关关系,抵扣率越高,财务绩效水平提升的幅度越大,而固定资产的抵扣效应却与企业财务绩效不相关;第三,“营改增”的实施更大幅度上降低了经济发达地区企业的财务绩效;而不同产权属性企业的财务绩效受“营改增”影响的差异不明显。“营改增”的实施,某种程度上造成了部分行业的“结构性增税”,降低了其财务表现。税收制度的健全完善、全社会资金的合理分配不仅需要政策的宏观调控,也需要与企业税务风险管理系统、资金规划制度的改革相结合,对此,本文提出了相应措施和建议。