二维凝胶电泳技术能够并行高通量地对上千个蛋白质进行检测和定量研究，在蛋白质表达和表达后修饰的研究中起到了重要的作用。同时它产生的高通量的数据需要依赖于计算机算法的帮助。二维凝胶电泳图像的软件分析一般可分为以下三个步骤：蛋白质电泳点的检测，凝胶图像之间点的连配，点的定量分析。目前商用的分析软件包包括Melanie，PDQuest，z3，and Progenesis。 蛋白质电泳点的检测和凝胶图像之间点的连配是影响软件分析精度的关键。虽然有越来越多的算法对其进行研究改进，但作者认为特别是在凝胶图像之间点的连配方面精度提高已经出现了瓶颈。因为各种实验及各胶之间存在不同程度的差异，连配算法的改进并不能适应所有情况。 本文提出凝胶图像之间点的连配聚类统计算法来改进连配的精度。主要的优化思路是利用不同的凝胶图像作为参考胶，进行多次软件的自动连配，得到多个点链(即一条不同凝胶上代表同一蛋白质组分的电泳点的连配信息)组成的集合。利用这多条点链之间的相互印证来修正错误。用ImageMaster软件以每一块胶作为参考胶都进行一次自动连配，导出所有连配文件并合并所有连配结果。这样n块胶连配一般情况下会得到代表同一蛋白质组分的n条点链，这n条点链中可能会包含错误的连配信息，利用聚类算法将他们聚到一个点链集，再对这些点链集进行统计分析得到最终结果。将我们算法得到的结果与人工校正的结果进行比较，发现我们算法显著提高了连配的正确率，并得到更多的蛋白质点点序，减少了人工校正的工作量。