科学家参与公共决策是科技发展和社会进步的必然结果，也是提高决策科学化民主化的必然要求，更是科学家履行社会责任的重要方式。本文根据皮尔克的观点，将科学家在公共决策中扮演的角色分为纯粹科学家、科学仲裁者、观点辩护者和政策选择的诚实代理人四类;按照巴伯等人的观点，依据研究活动的性质，将当代科学家分为学院科学家、政府科学家和产业科学家三类。在此基础上，构建了讨论当代科学家在公共决策中角色定位的分析框架，研究了在我国转基因作物决策中科学家的角色定位。主要研究结论有:　　(1)公共决策中的科学家角色，由科学、价值和制度三个方面的因素决定。科学因素的作用主要通过特定公共决策议题与科学的强弱相关性、特定决策议题在科学上的不确定性程度两方面因素来实现。价值因素主要通过科学家个体的价值取向、决策共同体和公众对决策议题的价值共识程度两个因素来实现。制度因素主要通过决策的民主参与模式和三类科学家面临的不同规则约束两个因素来实现。角色定位是各因素复杂作用的结果，三个因素并非严格独立，每种因素与其他因素交互作用才能最终决定科学家的角色定位。　　(2)转基因作物决策主要是转基因作物的安全性评价和转基因作物主粮化决策。转基因作物决策与科学强关联，必须以科学作为基础，科学家是决策共同体的必要成员。转基因作物的安全性评价决策中，由于转基因风险有不确定、争议性等特征，科学家应该持有一种“利益相关者”模式的科学观，增进和高层决策者、社会公众、其他领域专家、网络民意代表等群体充分互动;但由于转基因的科学性特征，其安全性评价中最有发言权的是转基因研究领域的专家。科学家应该按照谢茨施耐德模式，“代理”公众进行转基因作物的安全性评价，扮演好安全评价和政策选择的“诚实代理人”角色。但从“实然”角度看，一些转基因科学家持有线性模式的科学观，认为转基因不存在“不确定性”，实际上扮演了“纯粹科学家”和“科学仲裁者”的角色。　　(3)围绕着转基因的技术本质、粮食安全、产业风险和文化风险等，学术界和社会公众展开了争论。在转基因的社会价值争论中，科学家应该基于科学事实参与讨论，应该按照麦迪逊模式积极发表个人的观点，同时应尊重经济、社会、哲学、贸易、文化、伦理等领域的专家的观点和意见，扮演好“纯粹科学家”或“观点辩护者”的角色。但“实然”角度来看，绝大多数科学家面对争议，成为“沉默的大多数”，扮演了“纯粹科学家”的角色;一少部分科学家受转基因争论吸引和激发，参与到了转基因的风险交流和风险沟通中，有“观点辩护者”倾向;部分科学家积极向决策层表达观点，扮演了秘密的“观点辩护者”角色;有极少部分科学家中站在公允立场上，陈述转基因利弊和我国转基因发展战略，扮演了“诚实代理人”的角色。　　(4)学院、政府和产业科学家在转基因决策中的角色有一定的差异。大多数学院科学家远离决策和争论，扮演着“纯粹科学家”角色;也有一些学院科学家随着从企业获得的科研资助的增加，往往会由真理的代言人演变为产业利益的代言人，扮演“观点辩护者”角色;大多数产业科学家服务于跨国企业、边界组织、种业集团等各类产业组织，他们是维护产业利益的“观点辩护者”。在对国家农业转基因生物安全委员会（简称“安委会”）的分析后发现，政府科学家的角色分化最为严重，大多数政府科学家基于线性模式的科学观和麦迪逊模式的民主观，在安全性评价中扮演了着科学事实评价的“纯粹科学家”的角色;也有一些政府科学家扮演了“上面意见的论证者”角色和秘密的“观点辩护者”角色;在粮食安全与主权安全的争论和转基因商业化决策中，大多数转基因领域的政府科学家，与公众互动时是“沉默的大多数”和“纯粹的科学家”，少部分政府科学家在与政府决策者互动时扮演着“观点辩护者”角色。