传统的论文文献信息组织方式，多是根据文献的外部特征，如题名、责任者、索取号等作为建立索引的依据，缺点是无法反映文献的语义特征，只能够对其进行精确查找。而本体作为一种能在语义和知识层次上描述信息系统的概念模型建模工具，可以有效的应用于信息的组织，为信息检索系统提供语义支持。随着信息检索应用的普及，传统基于关键词输入的人机交互方式已经不能满足日益扩大的信息检索用户群的需求。 本文着重对信息检索中的文献组织方式做了深入研究，通过找到有效组织信息的方式，从而为检索者提供认知帮助以达到提高检索质量和效率的目的。本文主要工作包括对传统信息检索技术的弊端进行研究和在对本体理论以及本体方法和工具的总结和比较的基础上，提出了基于本体的信息组织方式和语义推理算法。 在实验方面，本文选择数字图书馆中论文文献信息检索这个应用环境，设计实现了论文信息检索原型系统，通过原型系统对所提出的理论和模型给出了实验验证；该系统能够通过概念放宽的方法，适度的扩大检索结果的范围，也可以精确领域概念，达到消除二义性和无关结果的目的，从而帮助用户找到所需的文献，最终达到提高检索效率的目的。