在区域创新体系中,高校是重要的创新主体之一,高校科技资源配置对我国自主创新战略的实施具有重要影响,高校科技资源配置受到诸多要素的影响,这也决定了建立高校主导的科技资源协同配置模式的重要意义。本研究分别从基于全社会配置主体的高校外部科技资源协同配置与高校内部创新团队间科技资源协同配置内外部两个层面解答了区域创新体系中的高校科技资源协同配置存在的问题。在对其背景和现有文献的研究基础上,提出了区域创新体系中的高校科技资源协同配置模式。对于外部配置主体间的协同配置问题,构建了高校科技资源协同配置影响因素结构模型,通过结构方程拟合和统计分析,研究了高校与其他外部配置主体间的关系,并提出高校科技资源协同配置的有效互动机制——高校主导的协同配置模式。基于互动机制中存在的内部科技资源配置问题,以高校内部科技资源配置的典型主体——高校内部创新团队作为研究对象,构建高校内部创新团队成员之间科技资源协同配置的博弈收益矩阵,并运用演化博弈模型来说明高校内部创新团队的策略选择,为高校内部创新团队间的科技资源协同配置设计出有效的主动式信息交互机制做理论基础。基于研究数据的可获得性,本研究最后使用知识生产函数对区域创新体系中的高校科技资源协同配置的效果做实证研究,选择了最典型的三个外部配置主体——高校、企业以及政府,构建区域创新体系知识生产函数模型。本文最终得出：以高校为主导的科技资源协同配置模式是适合我国国情的科技资源配置模式,可以推动内部资源和外部资源配置的良性循环,达到高校科技资源配置效率的优化。对于高校外部科技资源的协同配置,通过数据的分析,本文发现在对高校科技资源配置产生影响的因素中,除了研究机构,其他几个配置主体的科技活动都会对高校的科技资源配置产生积极的影响,并且政府的影响最大,企业次之,而且他们之间的差距有着缩小的趋势。为此,综合全社会各要素,可以将高校、外部环境、以及内部创新平台系统的联系在一起,整合成以高校主导的协同创新中心,加强高校的科技资源的有效配置。