氯乙烯职业暴露工人外周血有核细胞全基因组DNA甲基化改变的研究

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目的:通过全基因组重亚硫酸盐测序技术(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)对氯乙烯职业暴露工人外周血有核细胞DNA进行测序,绘制全基因组DNA甲基化改变谱,筛选差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR)及差异甲基化基因(differentially methylated gene,DMG),进一步探索氯乙烯致癌的早期生物标志物及其表观遗传机制。方法:收集山东某石化公司氯碱厂(暴露组)及山东某电厂(对照组)职工体检资料及职业接触资料,采集肘部外周血5ml。根据累积接触剂量及微核试验结果,在暴露组与对照组各自筛选3个研究对象,通过WGBS技术对外周血有核细胞DNA进行测序,检测两组全基因组DNA甲基化水平,筛查DMRs和DMGs,并对测序结果进行KEGG通路分析、Gene-Ontology分析等。采用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)、琼脂糖凝胶电泳技术在暴露组与对照组各随机选择50个研究对象验证显著差异甲基化基因的甲基化状态。结果:利用WGBS技术在全基因组共筛选出9534个DMRs,其中,4816个DMRs处于低甲基化状态,4718个DMRs处于高甲基化状态。涉及到的DMGs有1333个,其中,细胞凋亡相关基因有BCL2,MADD,TJP2,AEN,TAOK1,BNIP1等,DNA损伤修复相关基因有LIPH,NBN,LIPI,ATM,PFKFB3,GRPEL2等,细胞周期相关基因有LIPH,LIPI,PFKFB3,GRPEL2等,以及与基本生理过程相关基因甲基化水平改变。Gene-Ontology分析结果显示,甲基化水平差异显著基因主要分布在细胞与细胞连接处、胞外区、膜、细胞器等,主要影响蛋白激酶活性,磷脂酶活性、催化活性、受体活性、结构分子活性等功能,涉及细胞死亡及其调节,程序性细胞死亡及其调节,DNA损伤修复的凋亡调节,细胞增殖的调节,自噬调节等生物功能进程。KEGG通路分析发现,甲基化水平差异显著基因富集到癌症,RaP1信号通路、cAMP信号通路、Hippo信号通路、cGMP-PKG信号通路等。MSP及琼脂糖电泳技术对WGBS筛选出的DMGs甲基化改变状况验证发现,BCL2、TJP2、TAOK1、LIPI、LIPH、PFKFB3基因甲基化水平升高,BNIP1、GRPEL2基因甲基化水平降低。结论:氯乙烯暴露引起人外周血有核细胞全基因组DNA甲基化水平升高,筛选出的DMGs可能作为氯乙烯暴露的早期生物标志物。
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