鉴于目前可用于菠萝蜜遗传研究的分子标记数量少,遗传图谱构建研究进度慢,为了提高菠萝蜜分子标记辅助育种效率,促进菠萝蜜遗传改良,本研究通过菠萝蜜EST-SSR标记的稳定性和多态性揭示能力分析,尝试将其用于菠萝蜜种质资源遗传多样性和遗传图谱构建研究。主要研究结果如下:(1)本研究共设计出479对EST-SSR引物,其中399对在菠萝蜜随机选取的8份种质的叶片DNA上能有效扩增,282对具有多态性,多态性扩增引物占58.87%。(2)从中选择60对能够清晰扩增的多态性引物,分析了64份菠萝蜜种质资源的遗传多样性。这60对EST-SSR引物共扩增出188条带,不同引物的扩增条带数在2~11之间,平均为3.13条;其中有168条为多态性条带,多态性率为89.36%;每对引物的多态性信息含量(PIC)范围为0.4077~0.9589,平均PIC值为0.7922。证实了EST-SSR标记多态性揭示能力较强。(3)由UPGMA聚类分析可知,在遗传相似系数0.6881处,可将64份菠萝蜜种质资源分成2大类群;在遗传相似系数0.7325处,第二大类群虽又可分成4个亚群,但仍未能将干、湿苞独立分类。(4)利用有101个单株的F1代作图群体,从399对EST-SSR引物中筛选出在双亲和6个随机子代中存在多态性的引物有93对,占23.31%。利用93个EST-SSR标记对F1作图群体进行基因分型,分别通过“一步法”和“二步法”利用JoinMap 4.1软件构建了2张菠萝蜜遗传图谱,其中“一步法”图谱包含67个标记,分布于22个连锁群,总覆盖遗传距离为2232.8 cM,连锁群长度范围在4.2~390.3 cM之间不等,标记间的平均图距为33.33 cM;“二步法”图谱包含59个标记,分布于19个连锁群,总覆盖遗传距离为1161.2 cM,连锁群长度范围在4.2~172.6 cM之间不等,标记间的平均图距为19.68 cM。