鲮(Cirrhinusmolitorella)，俗称土鲮、鲮公，属鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae)、野鲮亚科(Labeoninae)，是我国南方特有种，两广地区四大家鱼(鳙、草、鲢、鲮)之一。近年来，过度捕捞、增殖放流和人工培育苗种的逃逸不可避免地影响了鲮的种质。搜集保存鲮野生原种并对其种质特征与遗传背景进行分析是对其进行种质保护的重要措施。广东省鲮鱼原种场从西江流域肇庆江段采集并保存了一批鲮野生原种，饲养中发现该批鲮原种存在体色及生长速率差异。为了解该鲮原种群体的遗传多样性水平，评价其作为原种的遗传性能，我们在观察其外部形态特征、测量其生长特性的基础上，对其进行了RAPD分析、AFLP分析、SSR分析及线粒体D-loop区序列测定分析，从核基因组分子标记层面和母系遗传层面综合考察了该批原种的遗传背景，为西江流域肇庆江段鲮的种质资源保护提供了基础性资料，将为鲮原种种质的利用提供依据。具体研究成果如下： 1.鲮原种群体的RAPD分析从鲮原种2个子群体(h、q)中各取24个个体共48个个体进行RAPD分析。20条随机引物扩增共获得了179条清晰稳定的条带，其中多态性条带82条，多态位点百分比为45.8％，子群体h与子群体q的多态位点数分别为77和66，多态位点百分比分别为43.02％和36.87％；原种群体内遗传距离为0.1232，遗传多样性指数为0.1281，子群体h与子群体q的遗传距离分别为0.1151、0.1010，遗传多样性指数分别为0.1248、0.1164。该结果表明子群体h的遗传多样性水平高于子群体q。 2.鲮原种群体与养殖群体的AFLP分析从鲮原种2个子群体(h、q)中各取29个个体，从3个不同区域的养殖鲮群体中共取32个个体(子群体zs、py、zq)，进行AFLP分析。从25对AFLP引物组合中选取6对扩增条带丰富、带型清晰、有差异性条带的AFLP引物用于进一步分析。6对引物共产生173条扩增条带，其中多态位点数为74，多态位点百分比为42.5％。子群体q、h、zs、py、zq的多态位点数分别为61、70、48、35、48，多态性位点百分比分别为35.11％、40.43％、27.66％、20.21％、27.66％。在扩增条带中，有一条在子群体h中的出现频率远远高于其在子群体q中的出现频率(72.4％＞20.6％)，编号为E2M4-1。遗传多样性分析结果表明，鲮原种群体遗传多样性指数高于养殖群体(0.1254＞0.1101)：子群体h的遗传多样性指数高于子群体q(0.1367＞0.0998)。 3.鲮原种群体的SSR分析利用4种鲤科鱼类的14对微卫星引物对鲮基因组DNA进行PCR扩增，对扩增片段的克隆测序发现引物MFW1、MFW2、MFW15、MFW17、Cc7、Cci1、Bgon22扩增出的产物含有微卫星序列。进一步对鲮的微卫星位点MFW1、MFW2、Cc7重新设计引物，将其分别命名为Cm1、Cm2、Cm3，新引物对鲮的扩增特异性增强。采用引物Cm1、Cm2、Cm3、Cc11、MFW15、MFW17、Bgon22对鲮原种群体59个个体进行遗传多样性分析。结果表明，引物MFW15、Cc11无多态性，引物Cm1、Cm2、Cm3、MFW17、Bgon22在取样群体中扩增图谱带型丰富，随引物不同，各标记在群体中检测到的等位基因数为2-16个。各微卫星座位的期望杂合度(He)与观察杂合度(Ho)范围分别为0-0.9038和0-1，平均值分别为0.6881(0.1819sd)和0.7772(0.1931sd)。座位连锁分析显示Cm1与Bgon22之间存在显著性水平连锁关系(P＜0.05)。子群体h的观察杂合度为0.7905，子群体q的观察杂合度为0.7635，子群体h的遗传多样性略高于子群体q。 4.鲮原种群体的D-loop序列分析设计了一对可从鲮总DNA中扩增出D-loop片段的引物，获得了937bp的鲮D-loop全序列。应用该对引物对鲮原种群体(h11个样本，q10个样本)进行扩增，测序获得了5端750bp的有效序列。21个个体共检测到15种单倍型，29个变异位点(4％)。遗传多样性分析发现，原种群体的序列差异为1.0％，子群体h与子群体q各自的序列差异为1.2％和0.9％。UPGMA分子系统树显示，用于研究的21个样本相互混杂，子群体h与子群体q并未出现独立的分支，这个结果表明该批鲮原种的子群体h和子群体q并非两个相互独立的母系来源。