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微生物溯源是通过比较污染样品与可能污染源中的粪便污染指示微生物的差异或其生物标记的有无来判断污染样品和可能污染源之间存在的联系,从而确定污染来源的一种技术。传统的溯源方法操作复杂,耗时长。本研究建立了一种基于拟杆菌群体特异性16S rRNA基因进行溯源的PCR-DGGE方法,以期达到快速、准确进行污染溯源的目的。同时与已报道的另一种新的快速溯源方法——利用大肠杆菌特异性基因的PCR-DGGE技术,进行了比较研究。通过三次采集示范点水样进行微生物指标的测定,发现存在大肠菌群严重超标的现象,而大肠杆菌作为粪便污染的指示菌,这种现象说明了示范点饮用水遭受到了粪便的污染。进行多次重复实验后最终确定了利用拟杆菌进行DGGE分析过程中的实验条件为采用聚丙烯酰胺凝胶浓度为8%,变性梯度为35%-65%,在60V电压条件下,电泳12h。通过分析研究建立了利用拟杆菌进行粪便污染溯源的方法,水样中的微生物通过滤膜收集,液氮研磨滤膜后采用CTAB的方法提取水样总DNA,采用拟杆菌特异性引物Bac32F/Bac708R将拟杆菌的DNA从水体中分离出来后,随后采用巢式PCR利用16S rRNA上的V3区将样品中的群体差异性表现出来进行不同样品之间相似性的区分。该方法针对采集的两批示范点水样进行了方法的验证,结果与实际情况相符。本研究建立的利用拟杆菌特异性引物PCR-DGGE溯源的方法首次通过拟杆菌群体差异分析进行微生物溯源,有效地确定水体中污染来源,结果可靠。利用另一种较为快速的溯源方法——大肠杆菌特异性基因的PCR-DGGE方法对采集的水样中进行方法的比较,结果证明本研究建立的方法在实际过程中其结果稳定、具有很强的应用价值。拟杆菌作为粪便污染的指示微生物之一,水体中检测到拟杆菌的存在说明饮用水受到粪便的污染,微生物溯源的研究结果表明饮用水与周围池塘的样品之间表现出极大的相似性,说明周围池塘水造成了饮用水的污染。井水作为华南地区典型农村饮用水来源之一,这类饮用水可能正遭受着池塘水的污染,需要及时采取有效的管理和补救措施。