“提高自主创新能力,建设创新型国家”已经被确定为我国国家发展战略的核心,具备自主创新能力不仅已成为企业经济持续增长的灵魂,还是检验企业核心竞争力的重要因素之一。除了需要提高自主创新能力,快速调整战略结构、组织结构,提升环境适应能力,优化资源配置方式,完善现有运营模式,企业生存发展还需采用团队的运行模式。而在我国许多高新技术企业对于技术投入的关注多于对内部管理的关注度,实际上许多研究表明决定企业核心竞争力持久的关键更多在于该企业软实力的高低,其中团队作为企业基础组成单元影响了该企业软实力的高低。因此,如何将团队目标与企业目标高度匹配,且最大化自主创新能力对于核心竞争力的关键在于企业战略绩效的推动作用,团队激励机制成为企业管理者不容轻视的重要环节。本文采用对比案例研究方法在对现有学者研究成果分析整合下,通过所选案例企业公开数据进行测算对比自主创新能力,并依据平衡计分卡模型对于两家案例企业财务绩效进行分析对比。通过对比研究发现,衡量企业是否具备自主创新能力的关键指标——研发投入、专利的增加并不能够必然导致企业战略绩效的提升。自主创新能力转化为核心竞争力需要依赖团队间高度配合及高效的内部运营流程,而采用团队激励则能够激发员工积极性、增强其凝聚力,将团队个体效用最大化,实现内部运营流程高效运转,从而将自主创新能力转化为核心竞争力,最终对企业战略绩效产生积极推动作用。