根据2008年9月（夏季）闽江口和2010年8月（夏季）椒江口这两个渔场的生物资源调查资料，对两个河口浮游动物的种类组成、生态类群、优势种和生态适应差异进行分析比较，探讨夏季闽江口海域和椒江口海域浮游动物群落结构的区别及其组成受水团变化的影响；同时，还研究了这两个河口渔场浮游动物的平均生物量、平均丰度以及优势种对其总丰度的贡献率的差异，且探讨了造成这些差异的水团因素，比较了两个河口渔场的饵料特征和渔场属性。研究结果表明：　　(1)夏季，椒江口受上升流的影响出现13个暖温带种，导致闽江口水域浮游动物种类数（37）要小于椒江口（43）；闽江口海域夏季主要受到台湾暖流的影响，6个优势种全部为亚热带种，椒江口有7个优势种，包括4个亚热带种和3个暖温带种；从适温性上看，闽江口和椒江口均主要以亚热带种为主，椒江口由于上升流的原因出现较多数量的暖温带种，从适盐性上看，椒江口主要以近海种为主，闽江口主要以外海种为主，这是闽江口和椒江口生态适应的主要差异；闽江口浮游动物群落结构主要受到台湾暖流和沿岸流的影响，而椒江口主要受到浙江近海上升流和沿岸流的影响，通过对两个河口群落结构的比较和生态适应差异的分析，表明水团是浮游动物群落结构的形成过程中的一个重要因素。　　(2)椒江口渔场饵料的种类组成要优于闽江口渔场，这是因为椒江口渔场除了出现体型较大的桡足类饵料生物，还出现了闽江口渔场没有的糠虾类、翼足类、端足类等优质饵料类群；椒江口渔场饵料浮游动物平均丰度达到281.17ind.m-3，远大于闽江口渔场的平均丰度，这是因为夏季，椒江口海域受到上升流和径流的作用，其海域营养盐特别丰富，而闽江口海域夏季受寡营养盐的台湾暖流的明显影响，海域营养盐相对于椒江口较贫乏，其饵料浮游动物平均丰度仅为110.19ind.m-3；受上升流影响，暖温种中华哲水蚤（Calanus sinicus）成为椒江口绝对优势种，平均丰度达到121.19 ind.m-3，闽江口最大优势种为体形较小的肥胖三角溞（Evadneter gestina），丰度仅为45.63ind.m-3，椒江口渔场无论是种类组成、饵料丰度还是优势种优劣性上都要好于闽江口。通过对两个河口渔场浮游动物饵料的数量特征的比较以及差异形成的水团因素探讨，表明椒江口渔场饵料特性要优于闽江口渔场，使得椒江口渔场洄游性经济鱼类远远多于闽江口渔场，由此造成两个渔场属性的差异。