经过多年的发展，我国环境保护领域信息化建设已经取得了显著成效，国家和地方各级环境保护部门构建了由多个监测站点组成的国家环境监测网络体系，获取和积累了大量有用的环境信息。但是由于我国目前正在处于经济高速发展的时期，经济建设速度加快使得环境污染问题也在逐渐加剧。面对越来越严峻的环境问题，如何利用现代化信息技术手段，增强国家的环境监管力度、提高环保工作的效率、能力和水平，不仅是我国在新时期环境保护方面面临的巨大挑战，也是信息技术领域迫切需要解决的重大课题。随着环境信息化建设的不断深入，在现代信息化技术与传统审计理论相结合的形势下，我们要大力发展和完善环境信息系统审计。由于当前我国环境审计的主要内容集中在法规政策落实情况；环境保护责任履行情况；环保资金管理和使用方面；项目建设的运作情况；绩效审计等相关方面，对于环境信息系统审计的研究方面，我国仍然处于初步探索阶段，我们需要不断尝试将所研究出的关于环境信息系统审计的理论知识应用到我国的环保工作当中，用以逐步完善我国的环境审计工作。本文主要运用的方法包括文献综述方法、比较分析法和实证研究法，对发展环境信息系统审计的相关理论和应用问题分析展开初步探索。本文首先通过分析环境信息系统和一般信息系统的区别，进而探讨关于环境信息系统审计的基本理论基础，其次介绍了环境信息系统审计的内容和审计方法，构建环境信息系统评价指标，在此基础上运用层次分析法对环境信息系统评价指标进行分析计算。继而以某国饮用水管理信息系统审计项目为例，分析总结审计项目中发现的问题及其原因。最后，根据分析结果，对我国环境信息系统审计研究提出可行性的审计建议，为我国环境信息系统审计实践提供一定的指导作用。