明清这两个朝代是封建社会当中极为重要的时期，是封建经济的最后阶段，这一时期经济和社会变迁剧烈，文化和价值观的冲突不断显现。处于这一历史时期的商人会馆，作为一种中间组织，它建立起政府与市场、市场与企业间的沟通桥梁，它对于商人、政府乃至明清社会都产生深远的影响。这样的中间组织，比如今天的行业协会、商会等，对于现代市场经济的发展具有积极的作用，尤其在我国加入世界贸易组织之后，随着经济结构的进一步调整，各方的利益关系协调成为重要课题。学术界对于会馆的研究大多从史学的角度加以分析，更多侧重其同乡组织或同业组织的特征。另外，学者更多地是把会馆研究放在明清史研究中的一部分，而不是单独作为很重要的内容来进行深入研究。部分学者借助一些经济学方法，但基本局限于描述性的分析，并没有形成很好的理论架构来解释会馆这一组织的存在机理、对商帮的影响及与政府间关系等内容。本文采用归纳分析与演绎分析方法相结合、规范分析与实证分析相结合、历史分析方法与逻辑推理方法相结合以及组织和制度分析方法，得出如下结论：通过对商人会馆的考察，从资源配置模式的视角，将其界定为中间组织，分为两个方面，一是居于政府与市场之间，二是居于市场与企业之间；商人会馆通过戏曲演出和神灵祭祀等形式，实现较好的内部治理；会馆是中国明清传统社会下官商关系博弈的一种制度选择，商人会馆体现出商人对权贵资本或政府的高度依赖性，而政府借商人会馆对商人加以控制和利用；从会馆到公所组织形式的变化，体现出诱致性制度变迁，而从公所到商会，则体现出强制性制度变迁。论文的篇章结构和主要内容设置如下：第一章是导论部分，介绍关于会馆和商人会馆的国内外研究现状，介绍研究思路和研究方法，并指出本文的创新点和不足。第二章对商人会馆进行了界定，并介绍商人会馆的兴起及其地域分布特征，并论述了商人会馆形成的经济和社会背景及思想与政策背景。第三章探讨了商人会馆的性质，指出其为中间组织，并对其形成的机制进行了分析，指出商人会馆与其它组织之间的区别，并分析其职能。第四章对组织的基本构成加以分析，并结合治理理论分析了商人会馆内部治理，并进一步指出商人会馆的内部激励问题。第五章运用博弈论分析方法，构建基于会馆的官商博弈模型分析，探讨官商关系的实质与动态演变。第六章基于诱致性制度变迁和强制性制度变迁理论探讨商人会馆到公所以及商会的组织形式的演变。第七章说明研究结论，并提出政策启示。