都市圈是大城市发展到一定阶段以后突破自身地域范围向周边区域辐射的高级城市空间形态。在我国新型城镇化规划的总体布局中,都市圈既是城市群的核心组成部分,也是实现各类型城市及小城镇协调发展的重要依托。在对都市圈发展水平进行评价时,不能仅从占地规模和经济总量上来衡量,而应该从生产效率的角度进行分析,从而发现都市圈发展过程中存在的问题。本文通过设定明确的划分标准对我国北京、上海、广州三大都市圈的空间范围进行了界定。在此基础上,本文利用DEA-Malmquist指数的方法对2006-2016年北京、上海、广州三大都市圈及其所包含的23个城市的全要素生产率指数进行了测算和分解。计算结果显示,所考察期间三大都市圈全要素生产率指数均小于1,说明全要素生产率呈现下降趋势。分解数据表明,北京都市圈全要素生产率下降的主要原因是技术水平的降低,而上海和广州都市圈全要素生产率的下降则是技术水平降低与效率水平降低共同作用的结果。为了进一步分析影响各个都市圈全要素生产率的具体因素,本文选择了产业结构、科研投入、人力资本、政府行为、对外开放和公共基础设施等6个自变量,利用面板回归模型进行了实证分析。实证结果显示,对单个城市而言,产业结构、科研投入和基础设施变量对全要素生产率的解释是显著的。对各个都市圈而言,产业结构对北京都市圈全要素生产率的变动有一定程度的影响;科研投入和基础设施变量对上海都市圈全要素生产率的解释显著;产业结构、科研投入、政府行为、基础设施变量对广州都市圈全要素生产率变动的解释显著。最后,本文在实证分析结果的基础上,针对不同都市圈的具体情况,提出了完善基础设施建设、优化产业结构布局、改善科研环境、提升城市软实力、协调区域发展、改进政府行为等政策建议。