基于循证医学和生物信息学对2型糖尿病的研究

来源 :大理大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:silvervan
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【目的】本研究拟从循证医学和生物信息学分析两方面入手,一方面通过Meta分析来系统评价沙格列汀对比格列美脲治疗T2D的疗效与不良反应,以期能为临床安全合理用药提供可靠证据;另一方面,对T2D骨骼肌的一个基因表达谱进行生物信息学分析,通过差异表达基因以及通路分析等手段来筛选T2D潜在生物标志物,为T2D的防治和新的药物靶点的识别提供理论基础。【方法】(1)分别在万方数据库、中国知网、维普数据库、中国生物医学数据库中以“沙格列汀”、“格列美脲”和“2型糖尿病”为主题词进行检索,在Embase、Pubmed和Cochrane library中以“saxagliptin”、“glimepiride”、“type 2 diabetes”为检索词进行检索。收集中英文文献中沙格列汀与格列美脲治疗T2D的随机对照临床试验(RCT)数据(Hb A1c,FBG,2h PBG,MBI,低血糖发生率),采用均数差(MD)或者相对危险度(RR)和95%置信区间(CI)来对结果进行分析。所有数据均采用Rev Man5.3软件进行分析。(2)首先,利用GEO中的运用程序GEO 2R鉴定数据集GSE25462中正常组与T2D疾病组骨骼肌中的差异表达基因(DEGs)。接着,使用DAVID在线工具(https://david.ncifcrf.gov/)对DEGs进行了基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。然后,利用基因/蛋白质相互作用检索工具(STRING)11.0(https://string-db.org/)和Cytoscape软件(版本3.7.1)构建DEGs及相关模块的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。最后,使用Cytoscape的i Regulon插件来预测三个模块中的转录因子。【结果】(1)本研究共纳入30篇原始研究,共计4234例患者。Meta分析的结果显示:有效性指标中,总体上沙格列汀降低Hb A1c[MD=-0.37,95%CI(-0.62,-0.12),P=0.004]和2h PBG[MD=-1.26,95%CI(-1.75,-0.78),P<0.00001]的作用优于格列美脲;降低FBG的作用与格列美脲组无差异[MD=-0.22,95%CI(-0.77,0.33),P=0.43]。安全性指标中,沙格列汀组在控制患者BMI变化方面优于格列美脲组[MD=-1.66,95%CI(-2.23,-1.09),P<0.00001];沙格列汀组低血糖发生率低于格列美脲组[RR=0.18,95%CI(0.13,0.23),P<0.00001]。(2)本研究从T2D患者的骨骼肌中鉴定出737个DEGs,包括557个上调和180个下调的DEGs。DEGs主要富集在醛固酮的合成与分泌、昼夜间夹带、癌症的转录失调等关键途径。基于度值法(degree method)、最大邻域分量(MNC)和最大团中心性(MCC)三种统计学方法,筛选出GNG8和GCG两个关键基因。从蛋白质-蛋白质相互作用网络中筛选出13个重要模块;基于前三个重要模块预测了58个可能与T2D有关的转录因子。【结论】(1)Meta分析结果显示:总体上,沙格列汀降低中老年T2D患者Hb A1c和2h PBG的作用是优于格列美脲的,并且对T2D患者体重的影响小,低血糖的发生率低。(2)基于对T2D患者与正常人骨骼肌中DEGs的分析,以及GO功能富集、KEGG通路分析、PPI网络互作、PPI模块分析和转录因子分析,本研究发现了2个关键基因GNG8和GCG和58个可能与T2D的发病机制有关的转录因子。然而,后续还需要进一步实验来验证了解这些基因和转录因子在T2D发生发展中的作用。
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