近年来,中国劳动力优势衰退,加之美国贸易保护主义下贸易政策的倾斜,使得中美间贸易摩擦形势日益严峻,并在2018年爆发了严峻的集中在高新技术领域的中美贸易战,使得制造业出口企业创新能力遭遇了严重冲击。本文采用实证分析法,选用中美贸易摩擦相关数据与中国制造业出口企业财务数据构造多元线性回归模型,对中美贸易摩擦对中国制造业出口企业创新的影响进行分析。为佐证实证结果,选取美国加强限制华为案件为案例进行分析。实证研究发现:第一,长期来看,中美之间长期的贸易摩擦及贸易救济案件会导致中国制造业出口企业创新能力下降,并深度影响贸易往来与合作;第二,从中美贸易摩擦对中国制造业出口企业的滞后性影响来看,与制造业行业不同的是,其滞后性影响并不显著,且中美贸易摩擦对制造业出口企业实用新型专利的负面作用最为显著,进而突出地影响企业的创新能力。在此背景下,我们可以得出结论:中美贸易摩擦频繁发生,使得中国制造业出口企业各类型专利申请量发生不同程度的减少,对于中国制造业出口企业创新能力的提高严重的负面影响,这启示我们:从政府层面来看,政府应采取积极的态度进行友好的协商与谈判,并采取有效的措施不断推进双方贸易健康、友好往来;积极运用WTO规则并提高制造业出口企业的创新能力,以减少因贸易摩擦带来的消极影响并提升国际地位和国际影响力;从企业层面来看,企业应提高对内、外条件的利用,乘政策之风,加大创新投入,以提高自身的创新能力为根本目的,为以后的中美贸易发展铺路。