在环境侵权领域中,环境侵权时行为损害后果的间接性、损害发生的长时间性、受害者对于损害产生的后知后觉性等原因,使因果关系的认定难度加大。我国环境侵权领域采用的归责原则是无过错责任原则,该原则要求对因果关系进行准确认定。因果关系认定是判断环境侵权行为是否成立的依据,也是环境侵权行为的构成要件。在新形势下,研究适用于环境侵权行为中一方当事人的行为与另一方当事人的损害后果之间有没有因果关系是判定环境侵权行为能否成立的重要依据。学界在判定某种行为是否属于环境侵权行为时,提出了“盖然性学说”、“疫学因果关系学说”、“间接反证学说”等不同的理论和学说。本文将对以上这些理论进行梳理,分析各种理论学说的长处与不足之处,并就各种学说进行评析。环境侵权中原告往往处于弱势地位,因此对于原告的证明标准只需要达到较低的盖然性证明程度即可,而对于被告则需要在原告提出证据之后,其需要提出更高的证明要求。在我国的立法实践中,并未明确规定因果关系推定理论,不利于司法实践中的统一适用。本文对举证责任倒置与因果关系推定两种方法进行比较,发现各自的优势与不足,就因果关系认定在立法上的规定进一步提出合理化的建议:一是以因果关系推定为基本原则,二是环境侵权因果关系认定的完善,包括在立法上明确规定因果关系推定,对因果关系推定确立统一的适用步骤,举证责任倒置规则的完善;三是在司法实践中对各种环境侵权案件进行类型化,其内容包括环境污染导致特定地区患病的案件应适用疫学因果关系说;我国农村环境侵权案件适用间接反证说;对于侵害相邻权关系的案件适用优势证据说;对于特殊类型的环境侵权案件可以把多种理论学说加以综合适用。