药用植物苍耳根、茎、叶、种皮等组织表面被有腺毛，腺毛是合成药用活性成分萜类的主要部位，特别是倍半萜内酯类化合物，例如苍耳素和苍耳亭。MicroRNAs（miRNAs）是一类长约21-24个核苷酸的非编码小分子RNA，一般在转录后水平调控基因表达，据报道，大多数miRNA都与植物的生长发育相关，但是有关miRNA参与到植物次生代谢物质合成过程的文献却鲜见报道。本论文在本实验室已建立的苍耳转录组数据库的基础上，利用高通量小RNA测序技术，结合靶基因功能预测，以期找到在腺毛中与调控萜类化合物生物合成相关的miRNA，进而为阐释萜类化合物合成调控机制提供分子基础。主要研究结果如下:　　1)通过HiSeq高通量深度测序，从苍耳叶和腺毛小RNA文库中分别得到12，325，132和9，076，601条原始序列，对原始数据进行去除接头、低质量序列及污染序列处理后，分别获得12，152，212(99.64％)和8，988，274(99.63％)条干净序列。长度统计分析表明，两个样本小RNA长度主要分布在19-25 nt，均以24 nt为主要形式。　　2)通过与miRNA数据库(miRBase)收录的所有植物成熟miRNA及其前体序列进行比对，共鉴定出1185个保守miRNA家族和37个新miRNA。对叶和腺毛中miRNA进行表达量分析，共发现494个差异表达的保守miRNA和18个差异表达的新miRNA。　　3)对差异表达miRNA进行靶基因预测、靶基因GO富集分析和KEGG通路分析，发现了一些参与到萜类生物合成路径中的靶基因，例如miR7539的靶基因1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶(DXS)，miR5021和miR1134的靶基因3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)、IPP/DMAPP合酶和IPP异构酶，都被报道是萜类骨架合成过程中的关键基因。　　4)随机选择13个差异表达的miRNA，进行了荧光定量PCR实验验证，除miR1134外，其他的实验结果均与测序数据库相符，说明本论文分析得到的数据客观可靠。　　本论文首次对苍耳中miRNA进行研究，共找到512个差异表达的miRNA，发现了一些调控萜类化合物生物合成的miRNA，特别是倍半萜类化合物，为解析萜类化合物合成调控机制提供了一定的理论基础。