后基因组时代的挑战在于如何理解DNA序列信息转变为表型信息的过程。随着测序技术的不断进步,转录研究的重点从单个基因转移到了基因组的整体情况。以SOLiD、Solexa为代表的高通量短序列标签测序法使得我们能够从基因组整体水平上研究转录模式以及表观调控过程,区分不同层次的信号在分化和发育的过程中如何开启与关闭,并理解调控系统与基因组在互作过程中的演化历程。我们应用RNA-seq与ChIP-seq技术,获取小鼠不同组织的整体转录模式以及核小体排布的表观调控信息。研究发现：在大脑、睾丸和胚胎干细胞中,核小体在基因组上的排布相对趋于保守,而在染色质水平上的核小体的排布密度与DNA区域的转录特征有相关性,局部的核小体高密度排布,能够为其他转录调控机制提供作用基础,进而在一定区域内增强DNA对其他调控作用的敏感程度。另外,我们将转录组数据、核小体排布数据与基因组突变数据相结合,解释突变在基因范围内的周期性变化规律成因,以及转录偶联突变对于基因组进化的重要性。最后,针对于新一代转录组技术的更新特点,重新检测了组织特异基因在不同组织内的表达情况以及排布规律,表明组织特异基因仍然有与看家基因相似的的成簇排布趋势,并且在进化过程中排布区域保守,这对理解组织特异性及相应的作用方式有着重要的意义。