“预防为主”是我国卫生工作基本方针之一，疾病预防控制机构则是贯彻这一方针的主要机构。作为一项公共卫生事业，其开展工作所需要的经费应由国家财政实行全额预算补助的形式通过公共财政来满足。 在“非典”暴发以前，虽然国家对疾病预防控制机构名义上是全额补助，但不再补偿机构的所有支出，大部分疾病预防控制机构的财政补助远不能满足其实际支出的需要，致使有些必要的业务工作不能正常开展，应对突发公共卫生事件的能力显著下降。大多数疾病预防控制机构主要通过有偿服务收费来弥补国家财政投入的不足。当前，一方面国家对疾病预防控制的财政补助逐年递增，另一方面国家对疾病预防控制机构的财政补助依然不足，疾病预防控制机构无偿服务项目与有偿服务项目并存。 在这种情况下，本文运用理论与实践相结合的方法，采用上海市卫生局未公开发表过的第一手材料——上海市19个区县疾病预防控制机构2005～2007年三年财务报表，对上海19个区县机构的公共职能落实情况、经费收支状况进行研究，并运用灰色动态模型GM(1，1)对机构的经费收支进行预测，以期为疾病预防控制主管部门的宏观管理和科学决策提供依据。 本文创新性地引入“经费自给率”这一研究指标用于分析疾病预防控制机构经常性收支能否自给，从而以实证的方式指出如果没有政府补助疾病预防控制机构都将无法生存；另外，本文把灰色动态模型GM(1，1)用于上海市区县疾病预防控制机构经费收支的实证分析，以此预测2008～2012年机构的收支状况，探讨政府财政补助能否弥补支出，指出在一段时间内有偿服务收费项目仍需存在，尚不能剥离出去，否则收入(不含有偿服务收费)不能够弥补支出。而目前国内从预测的角度对疾病预防控制机构收支进行研究的文献相对较少。 实证研究的结果表明，上海19个区县疾病预防控制机构履行公共职能的能力有提高，尽管如此，2005年总体完成程度为66．0％，公共职能项目的完成度还比较低，仍需提高；各区县之间总体履行职能状况不均衡，项目总体开展率、完成程度郊区高于市区，开展程度市区高于郊区，市区、郊区机构履行职能的范围、深度、完成程度等方面均差异较大，均衡性有待提高。政府在对市区、郊区机构进行财政补助时，可以考虑这些方面，有针对性的提高，从政策上加以指导，以达到新医改方案中促进“基本公共卫生服务均等化”的目标。 另外，2005～2007年机构总收入、财政补助、事业收入年均增长率分别为13．6％、19．30％、0．55％，事业收入占机构总收入的比重在下降，财政补助收入的比重在上升，市区机构财政补助收入占机构总收入的百分比逐年增加，郊区机构逐年减少，2007年市区已经高于郊区。而2005～2007年上海市区县机构事业支出总体上涨，每郊区的事业支出要高于市区。 2005～2007年上海市区县机构收支结余为0．64％、-2．08％、0．81％，财政补助与总支出年均差额为-8901．28万元，基本支出财政补助与基本支出年均差额为-7711．76万元。根据灰色动态模型GM(1，1)的预测，2008～2012年上海区县机构基本支出财政补助与总支出中的基本支出费用预测值差额虽然在逐年减少，但是依然存在缺额。目前国家的财力还十分有限，疾病预防控制机构经费短缺的现象短期内还得不到解决，由此可见，缺额部分还需要靠有偿服务收入来部分补偿，但有偿服务的适宜规模和比例值得进一步研究；鉴于疾病预防控制机构是公共卫生事业单位，有偿服务收费易导致疾病预防控制机构的趋利行为，完全剥离疾病预防控制机构的有偿服务仍需努力争取。当务之急是要考虑在现行疾病预防控制机构财政收支的条件下，如何使原本有限的资金发挥最大的作用。 政府应增强疾病预防控制机构公共职能的落实，强化政府责任，同新医改方案中“基本公共卫生服务均等化”的目标相适应；加大政府财政投入，在确保政府财政投入到位的同时，确保政府财政投入的合理使用，规范政府对疾病控制财政支出的范围及力度，最终建立适应地区经济发展水平和适当加强宏观调控的长效、稳定、均衡的体现政府公共财政的投入机制。