面对严峻的碳减排形势和能源安全问题,发展唯一能大规模替代化石能源的生物能源是大势所趋。但当前生物能源产业因生产成本过高等问题发展缓慢,对此世界各国都采取了各种政府主导的政策手段来促进其发展,其中短期内最有效也最常用的是财政补贴。但财政补贴有其局限性,为了生物柴油产业的长远发展还应采用基于市场机制的自愿手段。2017年底启动建设的全国碳排放交易市场为我们提供了可能,可以建立一种基于碳交易市场的政策手段——核证减排量(CER)交易。对此,本文把依托碳交易市场的CER交易和基于政府的财政补贴作为促进生物能源产业发展的两种政策手段,研究它们对发展生物能源产业的经济影响,并比较它们对生物能源产业发展的促进效果。首先,本文考虑用生物能源替代一定量的化石能源,具体以生物柴油替代交通能源为例,在我国42部门经济系统中增加生物柴油部门,运用投入产出分析法,构建43部门投入产出模型。其次,根据模型研究采用CER交易和财政补贴两种政策手段发展生物柴油产业对我国居民收入、税收和GDP的影响;最后,运用敏感性分析法,探讨了CER价格、作物产油量和柴油价格这三个关键因素分别发生变化时,对发展生物柴油产业的经济影响的变化。研究表明,在“2020年生物柴油替代交通能源需要的150%”的情景下,发展生物柴油产业的最主要经济影响是直接影响,引致影响次之,间接影响最小;此时发展生物柴油产业会亏损约1560亿元,并使GDP最终减少约681.04亿元,表明发展生物柴油产业对我国的GDP增长有一定程度的抑制,但也会增加居民收入约738.61亿元、增加政府税收约145.17亿元,同时减少二氧化碳排放约8541万吨。运用CER交易以弥补亏损,会让直接影响的比重随着CER价值的上涨而增加,间接影响和引致影响的比重均下降;而财政补贴并不使这三种影响的比重发生变化。进一步,CER交易会使发展生物柴油产业对居民收入和税收的影响略有降低,但最终会使得GDP的影响值有较大幅度的增加;而财政补贴只会使政府税收收入减少,并不影响居民收入和GDP的增加值。而在作物产油量增加或柴油价格上涨时,若补贴金额与CER价值相等,则CER交易能更早使GDP实现正增长。因此,为了促进生物柴油产业的发展,在动用相同社会资金的情况下,采用碳交易市场背景下的CER交易政策手段比采用财政补贴的促进效果更好。但当前生物能源产业要被纳入碳交易市场,还有一些制度问题需要解决,本文从新制度经济学的角度对此做了简要分析。