上海合作组织是第一个由中国政府积极推动,并以中国城市命名的区域性合作组织。它成立的主要目的就是坚持开展打击“恐怖主义、分裂主义和极端主义”为内容的安全合作。自其2001年成立以来,它在惩治中亚地区恐怖主义犯罪过程中已经发挥了极大的作用。中亚各国均面临着恐怖主义的威胁,然而打击恐怖主义措施不当所付出的侵犯人权的代价有时甚至会比恐怖主义罪行所造成的损失更大。因此,在惩治恐怖主义犯罪过程中更应该注重对人权的保护。总的来说,惩治恐怖主义犯罪与人权保护之间是具有一致目的的,上海合作组织可以在此基础之上寻求到一个既能够充分发挥其地区反恐作用,同时又能够实现对人权有效保护的方式,从而体现出法律的公平与正义。惩治恐怖主义的立法作为法律规范,其外在的目的是要对恐怖主义犯罪进行有效打击,防止其进一步蔓延,更为深层的目的则是要通过对恐怖主义的防范与惩治来打击那些肆意侵犯人们基本权利和社会公共利益的行为。因此,在上海合作组织联合惩治恐怖主义斗争中所体现出来的人权保护是今后该组织进一步合作与发展过程中应当予以密切关注并进行切实保障的一个方面。