在当今科学技术高度发达的知识经济时代,国家经济的发展越来越依靠科学技术的进步。高等教育作为一国重要的科技开发产业其发展势必极大的影响一个国家的经济前景和国际竞争力。因此越来越多的国家不遗余力的投资高校的科研活动,高校的科研活动也成为不少学者十分关心的问题。本文将研究高等学校的科技投入产出关系,通过构建高校的科技生产函数并进行实证分析,我们希望可以让高校的管理者对高校的科研生产活动有更深刻的理解,从而可以更合理的配置科研资源,最终达到提高我国高校科研活动生产效率的目的,此外还希望我们的研究能让大家对我国高校地域不均衡问题有不同角度的认识。文章首先对我国高校2007-2012年间的科研投入产出的现状、存在的问题及原因进行了分析；之后以教育部直属的64所高校为样本,构建高校科技生产函数,通过实证定量分析高校人力财力投入、高校学术交流活动以及高校所处的地区因素对于高校学术论文产出和高校科技综合产出的影响。实证结果表明高校人力财力投入和高校学术交流活动均显著正向影响高校的学术论文产出,高校所在地区优质高校的聚集度越高则高校对于人才的竞争越激烈,不利于高校的学术论文产出。在对高校科技综合产出的研究中我们发现仅有人力财力的投入和人才质量因素对高校科技综合产出有显著正向影响。