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牡蛎是营固着生活的软体动物,贝壳形态变化极大,容易随环境变化而变化,传统的贝壳形态及解剖结构等鉴定方法对牡蛎进行分类容易导致分类的混乱。小蛎属(Saccostrea)牡蛎只分布在热带及亚热带水域,在我国南方沿海潮间带最为常见、数量最大,大多数种类附着于裸露的岩石上或附着在珊瑚礁上,其壳形特征在各种间有相似性,因此小蛎属牡蛎的分类更为混乱。本次研究在传统形态分类的基础上,利用线粒体基因细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)、16SrRNA和核基因28SrRNA对中国沿海的小蛎属牡蛎的分类演化以及地理分布进行了系统分析。从中国浙江以南沿海潮间带共采集到1773个小蛎属牡蛎样品,鉴定出7种小蛎属牡蛎,其中包括2个新种,2个新纪录种,分别为小蛎属新种拟咬齿牡蛎(S.mordoidea sp.nov.)、拟多刺牡蛎(S.kegakioidea sp.nov.),小蛎属中国沿海新纪录种马拉邦牡蛎(S.malabonensis)和旋形牡蛎(S.circumsuta),以及3种中国沿海小蛎属常见种,即咬齿牡蛎(S.mordax)、棘刺牡蛎(S.echinata)和多刺牡蛎(S.kegaki)。拟咬齿牡蛎数量较少,仅在海南海棠湾有分布,拟多刺牡蛎仅在浙江南麂岛和嵊泗列岛有发现。马拉邦牡蛎样品数量较多,主要分布在广东和海南沿海潮间带。旋形牡蛎样品数量较少,主要分布在广东、香港、广西以及海南沿海潮间带。咬齿牡蛎在广东阳江市和海南沿海潮间带都有分布。多刺牡蛎在浙江沿海,嵊泗列岛,南麂岛以及东冲半岛潮间带岩石上有发现。棘刺牡蛎样品数量最多,在浙江、福建、广东、广西以及海南沿海潮间带都有分布。本次研究确定了中国沿海小蛎属牡蛎的种类及分布,根据线粒体基因(16SrRNA、COI)和核基因(28SrRNA)构建了小蛎属的系统进化树,确定了小蛎属牡蛎的种间关系。为生物多样性调查保护、生态研究以及水产养殖等提供依据。