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本研究主要是研究ZP3基因的变异与海拔及产羔数的关系,探讨ZP3基因在物种间的进化以及在绵羊群体间的选择类型,寻找ZP3基因与高繁殖力相关的SNP位点,为绵羊的选育工作提供理论参考。选择9个不同海拔高度的绵羊群体(高原型藏羊、欧拉型藏羊、山谷型藏羊、乌珠穆沁羊、苏尼特羊、滩羊、广灵大尾羊、小尾寒羊和湖羊)作为试验材料,采用混合样测序技术检测绵羊群体内ZP3基因的SNP位点,用直接测序法对其进行分型,对这些位点的基因频率、基因型频率与海拔进行关联分析;对15个物种的ZP3基因进行系统发生关系、基因相似性及物种间进化分析;对9个绵羊群体内检测到的ZP3基因的SNP位点进行群体受选择状况分析;收集整理158只湖羊的产羔数据,分析SNP位点基因型、连锁区单倍型及双倍型与产羔数的关系。研究结果表明:1.ZP3基因在15个物种间的正选择检验表明ZP3受到强烈的正选择。模型M2a朴素贝叶斯方法(NEB)检测发现ZP3基因不存在正选择位点,经验贝叶斯方法(BEB)检测发现ZP3基因存在3个正选择位点(364V、371S、372T)。模型M8朴素贝叶斯方法(NEB)检测发现ZP3基因存在83个正选择位点,其中有7个后验概率显著的正选择位点(344Q、364V、371S、372T、374A、399T、401L,P>0.95);经验贝叶斯方法(BEB)检测发现ZP3基因存在8个正选择位点(344Q、364V、371S、372T、374A、399T、401L、402P)。这些氨基酸正选择位点大部分位于精卵特异性识别区域内。2.利用混合样测序法在绵羊ZP3基因上共检测到20个SNP位点,其中10个位于内含子区域,10个位于外显子区域。g.78T>C、g.195G>A、g.2293C>T、g.7576C>T是同义突变,g.259A>C和g.7610G>A是非同义突变。3.检测9个绵羊群体ZP3基因序列的差异,利用Lositan对绵羊群体ZP3的SNP位点进行种内进化状况的分析,结果表明平均分化系数为0.038,说明只有3.8%的的变异是由群体间产生的,97.2%的变异是由各群体内产生的。只有g.2046G>A和g.7576C>T受到了强烈的正选择作用,其余位点处于中性选择。4.9个群体ZP3基因SNP位点的等位基因频率与海拔进行关联结果表明:g.7202A>G的等位基因A与海拔显著正相关,等位基因G与海拔显著负相关;g.9438G>C的等位基因G与海拔显著正相关,等位基因C与海拔显著负相关。基因型频率与海拔进行关联分析,结果表明:g.7179G>T的GG基因型与海拔显著正相关,GT基因型与海拔极显著负相关;g.7202A>G的AA基因型与海拔显著正相关,AG基因型与海拔极显著负相关;g.9438G>C的GG基因型与海拔显著正相关,GC基因型与海拔显著负相关。5.对湖羊群体SNP基因型、3个连锁区块的单倍型及双倍型分别与湖羊第1和第2胎产羔数进行关联分析,结果表明:位点g.328G>A与第1胎产羔数显著相关(P<0.05),基因型GA比GG的产羔数高出1.15个;g.7342A>G与产羔数显著相关(P<0.05),基因型AG比基AA的产羔数高出0.66个。SNP基因型与第二胎的关联结果均不显著(P>0.05)。SNP单倍型、双倍型与第一、二胎的关联结果均不显著(P>0.05)。