本文通过对“中国商用飞机有限责任公司研发中心——上海飞机设计研究院”组织结构变迁的的研究，提出商飞公司的研发机构在不断发展壮大的过程中，该怎样去调整组织结构的变化，才能适应航空主制造商研发机构的发展规律，才能使其更好的适应企业内部、外部环境的变化，从而实现提高企业资源分配和利用效率的目的。　　文章结合了经济学界关于公司的本质研究和管理学界关于企业组织理论的相关研究，提出了两种理论殊途同归的结论，即企业组织理论的实质符合公司本质的论断，两种理论从不同的角度指明了组织结构是企业达到资源合理利用的有效途径。在此基础上分析了一般性研发机构的组织特点，并结合民用飞机研发活动的特点，进一步提出民用飞机研发机构应具备的组织结构特征。通过这种从普遍到特殊的理论分析，为上海飞机设计研究院的组织结构再造建立了理论依据。　　在对上海飞机设计研究院的组织结构再造提出改进意见之前，首先针对其现有组织结构的现状进行了具体分析，提出了在战略、文化、市场等方面存在的若干问题，之后针对这些问题从组织结构再造的角度给出了再造的方案。　　本文从理论到实际，从一般到特殊，对上海飞机设计研究院的组织结构设计提出改进意见。这些意见既充分考虑了研发机构组织的客观规律，又结合了航空企业的自身特点，还融合了信息技术发展的时代背景，因此得出的再造设计方案对上海飞机设计研究院的实际工作具有可操作性，具有积极的借鉴意义。