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规模化畜禽养殖产生了大量粪污,如果不及时合理处置,将给环境带来巨大压力。因此,开展畜禽养殖废水处理技术的相关研究,对减轻畜禽养殖模式调整过程中所产生环境问题显得尤为重要。微生物作为废水生物处理系统中的重要组成部分,对降低畜禽废水有机物含量,实现废水无害化起着重要作用。因此,本研究采用Mi-seq测序技术,对四川农业大学污水处理站“ABR-CASS-人工湿地”系统各处理阶段污水和污泥微生物群落多样性进行分析,筛选各个阶段优势菌群,并结合污水处理的理化指标等,综合分析出该污水处理系统中的污水生物处理可能机制,为进一步改进污水处理工艺和提高生物法处理效率研究提供参考。本研究取得的主要结果和结论如下：(1)对温度和pH的监测结果显示,试验阶段温度较稳定,没有出现明显波动。pH经处理工艺没有发生明显变化,变化区间为6.87-7.66。畜禽废水主要污染物CODcr、TP以及NH4+-N经过ABR、CASS和人工湿地处理后都达到了一定的去除效果,去除率分别为：71.84%、17.28%和66.51%,但不同指标在各处理阶段的去除效果差异较大。(2)不同处理阶段畜禽废水样品序列分析结果显示,统计得到28个菌群门类细菌,主要以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)以及厚壁菌门(Firmicutes)细菌为主。在细菌属的分类水平上,Arcobacter (Proteobacteria)、 Sulfurospirillum (Proteobacteria)、Bacteroides (Bacteroidetes)和Acinetobacter (Proteobacteria)、Hydrogenophaga (Proteobacteria)菌属在4个废水样品中的丰度较高,是废水样品中的优势菌属。(3)不同处理阶段活性污泥测序分析结果显示,各阶段污泥微生物群落结构、组成在所研究期间(2个月)比较稳定,没有发生明显的微生物演替现象。在各污泥样品中一共检测到31个细菌门,其中ABR、CASS和人工湿地共同存在的细菌门有21个。在所研究的处理阶段,均发现丰度占主导的微生物为变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)类细菌,其次是厚壁菌门(Firmicutes)。基于在不同细菌分类水平结果显示,在各个分类水平上,不同处理阶段优势细菌类群都不同。在细菌分类“属”水平上,所有污泥样品中含量最多的是Bacteroidetes菌门内Bacteroidales菌目和Sphingobacteriales菌目中还未得到鉴定的细菌类群,其次为互营菌属Syntrophus细菌类群。(4)物种聚类信息显示,畜禽废水处理系统中活性污泥微生物群落结构与畜禽废水中微生物群落之间存在必然联系,同时在各自优势菌群方面存在差异,处理废水中存在着一些在污泥中处于低丰度但可能对污染物去除有重要作用的功能菌群。