尿路感染病原菌耐药性及G+代表菌群全基因组测序分析

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目的:探讨本地尿路感染患者的病原菌分布及耐药性特点,为临床合理用药、延缓病原菌耐药性的产生提供理论依据;揭示G+代表菌群(粪肠球菌及屎肠球菌)的耐药基因及毒力因子携带情况,解析耐药性及致病性的产生。方法:回顾性分析889例遵义医科大学第三附属医院2019年7月至2021年6月收住的尿路感染患者年龄、性别、病原菌分布特点及耐药情况。通过全基因组测序的方法检测粪肠球菌及屎肠球菌的耐药基因与毒力因子携带情况。结果:1.889例上尿路感染患者中,男性占34.42%,女性占65.58%。女性患者明显较男性多,约是男性患者的1.9倍。按年龄分组:青年占9.11%、中年占35.32%、老年占55.57%,在各个年龄段中男性患者均低于女性。2.病原菌中G-菌占68.57%,G+菌占26.02%,真菌占5.41%。有8.10%的患者一次尿培养同时检出两种病原菌。排名前五位的病原菌分别是大肠埃希菌占50.36%、粪肠球菌占9.37%、屎肠球菌占7.49%、肺炎克雷伯菌占4.79%、绿脓假单胞菌占2.71%。大肠埃希菌在女性中占比62.12%,要明显高于男性中的占比28.70%。3.前3位G-菌中,大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌对阿米卡星、头孢替安、哌拉西林/他唑巴坦及美罗培南耐药率很低;呋喃妥因、头孢他啶对于大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌相对具有较高敏感性;大肠埃希菌头孢呋辛耐药率已接近70%,对头孢硫咪、氨苄西林、左氧氟沙星的耐药率超过了80%,其中氨苄西林耐药率高达92.77%;绿脓假单胞菌对所检测药物耐药率均很低。G+菌中以粪肠球菌、屎肠球菌为多见,它们对万古霉素、替考拉宁、替加环素、利奈唑胺高度敏感。屎肠球菌对氨苄西林、高浓度庆大霉素、红霉素、呋喃妥因及左氧氟沙星耐药率高于粪肠球菌。真菌中以白念珠菌最为多发,真菌对常用抗真菌药物耐药率总体较低。4.每个肠球菌菌株普遍携带有几十种耐药基因及毒力因子。常见耐药基因检出率:AAC(6’)93.75%、ant(6)-I 37.50%、aph(2’’)31.25%、aph(3’)-III 25.00%、TEM75.00%、tetM 62.50%、GyrA 56.25%、ermA 56.25%、ermB 43.75%。未检测出optrA、cfr、vanA及vanB。粪肠球菌耐药基因的携带量低于屎肠球菌;常见毒力因子检出率为:asal 93.75%,gelE 68.75%,efaA 62.5%,粪肠球菌与屎肠球菌毒力因子携带没有明显差异。结论:1.尿路感染病原菌以G-菌为主,其中大肠埃希菌占半数以上。在没有尿培养及药敏结果之前应针对大肠埃希菌进行经验性用药,特别是女性患者。可将呋喃妥因、头孢他啶、头孢替安、阿米卡星、哌拉西林/他唑巴坦及美罗培南作为经验性用药首选。当治疗无效时需考虑为G+菌感染或者合并G+菌感染,必要时可联合使用万古霉素、利奈唑胺。2.粪肠球菌及屎肠球菌是尿路感染G+菌中的代表菌群,它们同时携带多种耐药基因及毒力因子,导致其耐药性以及致病性增强。
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