由政府主导的中国社会转型取得了巨大成功，但在转型期间也暴露出了许多社会问题，这些社会问题在很大程度上是由于政府职能错位和行为的不规范引起的。政府职能错位和行为不规范又是官僚制政府所面临的伦理困境的必然产物。本文运用行政学、伦理学、社会学、政治学等学科的基本理论，对政府伦理困境问题进行了比较深入的剖析，并提出了一些治理对策。 文章第一部分从思想渊源和逻辑推演论证了政府的本质只能是公共性，对公共性价值的追求和守护构成了现代政府存在的合法性基础；而现代政府的组织结构和运行理念又是一种工具理性的官僚制模式，因此，在逻辑上，政府的公共性价值理性和其官僚制模式的工具理性之间存在着内在冲突，这种冲突就体现在政府运行过程中忽视价值理性而产生的伦理困境。 而主导现代化转型的中国政府除了面临着以上所及的普遍的伦理困境之外，还由于中国政府自身的特点、职能定位以及身处转型时期的特殊的行政环境，而陷入内部公共性价值不足的第二种伦理困境；本文第二部分进一步描述了这种伦理困境的表现及成因。 最后，文章指出，要解决这种伦理困境，必须加强政府自身的公共性价值基础，促进政府结构和理念的科学化，并建立稳定的制度化的外部公共性价值导入机制，同时构建一个以公共服务职能为主的有限政府。