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本文应用ISSR技术对黑龙江红松13个种群238个个体的遗传多样性及遗传分化进行研究,揭示该地区红松种群的遗传多样性水平、遗传结构,探讨遗传分化机制,为东北红松林的资源有效保护和合理利用提供理论依据。主要研究结果如下:1、通过筛选出的13个扩增条带清晰、多态性丰富的ISSR引物对黑龙江13个种群进行PCR扩增,共检测出139个位点,多态位点数96个,多态位点比率(P)69.06%,Nei多样性指数(H)平均值为0.2403,Shannon多样性指数(I)平均值为0.3598。说明该地红松具有较高水平的遗传多样性。2、种群间遗传分化系数Gst为0.3404。种群内的遗传多样性占总群体的65.94%。种群间的遗传多样性占总群体的34.06%,说明黑龙江红松遗传变异主要存在于种群内;种群间的基因流Nm为0.9689,表明红松种群间基因交流基本正常,但基因流不是很高,在种群间形成了一定程度的遗传分化。推测黑龙江红松资源遭受破坏多是人为所致使生境破坏和种群片段化,针对这种现状,我们提出了红松资源的恢复建议。3、对13个种群聚类分析,可以将其分为3大组,主要集中在小兴安岭和张广才岭。某些种群早在第四冰期前就已经分化,当第四冰期来临时在黑龙江省的小兴安岭和张广才岭形成我国天然红松的避难所。