随着我国经济体制和政治体制改革的深入，职务经济犯罪呈现出复杂多样的态势，巨额财产来源不明罪就是在我国实行改革开放的历史变革中，为适应惩治腐败犯罪分子的需要而设立的。由于我国刑事立法中规定巨额财产来源不明罪的时间并不长，相关的理论研究尚不成熟，又由于该罪自设置至今，愈加倍受立法界和司法界的关注，存在颇多争议，主要涉及罪名、立法价值、犯罪构成、有罪推定、犯罪形态、证明责任、自首、数额、法定刑等等诸多问题，被公认为是刑法分则中最具争议性的罪名。因对该罪作全面而系统的研究并加以阐述远非一篇硕士论文所能胜任，故笔者选择其中较有代表性的争议问题进行探讨，以深化对巨额财产来源不明罪的研究。本文主要探讨研究以下五个方面的问题：(1)巨额财产来源不明罪的立法价值，即本罪设立的正当性问题，从本罪立法背景、现行法律的相关规定等方面认为，认为本罪的设立虽具有功利性，但设置是正当的，只可完善，不可取消。(2)在巨额财产来源不明罪的自首问题上，笔者通过对理论界关于该罪是否存在自首的两种观点进行探讨分析，认为巨额财产来源不明罪存在自首，并具体阐述了巨额财产来源不明罪的两种自首情形，即一般自首和以自首论的特殊自首。(3)巨额财产来源不明罪的共同犯罪认定问题，认为存在共同犯罪的作为方式和共同的不作为方式。(4)巨额财产来源不明罪的证明责任问题，认为本罪的设立虽然降低了检察机关的证明责任，但并不存在“举证责任倒置”或者“证明责任转移”给犯罪嫌疑人、被告人的情况，本罪的证明责任仍由负有控诉职能的检察机关承担。(5)巨额财产来源不明罪的立法完善和思考。分析说明了巨额财产来源不明罪在立法上存在的不足，检讨了巨额财产来源不明罪的法定刑，并提出了对该罪的立法完善的建议。