本论文用生物信息学方法分析萨氏海鞘（C.savignyi）、玻璃海鞘(C.intestinalis)和尾海鞘（Oikopleuradioica）的miRNA，共预测了52个Ciona属海鞘特有miRNA、527个保守性miRNA、37个miRNA簇。首次实验验证了6个萨氏海鞘miRNA的表达。　　 通过聚类分析将萨氏海鞘的180个预测miRNA归纳为140个家族，发现海鞘miRNA家族的构成与其他后口动物之间有很大的差异，80.00％的萨氏海鞘miRNA家族为尾索动物所特有，与其他几种脊索动物共有的只有16.43％，与其他几种后口动物共有的只有3.57％。海鞘系统发生中miRNA的显著变化可能推动了其机体结构的重大变化以适应固着生活的新生活方式和新环境。对表达实验阳性的miRNA进行了生物信息学功能预测，GO功能分类表明miRNA可能调控多种生物学过程;其中csa2-com和csa_7可能调控心脏发育，而csa_m-27c和csa_9-com可能调控胚胎发育中的多种过程。　　 对萨氏海鞘csa_m-27c的表达检测发现，它在精卵细胞发育过程中表达量较低，在受精卵进入胚胎发育过程之后表达显著上调，胚胎发育结束之后明显下降，提示它对胚胎发育过程的基因表达调控可能具有重要作用。　　 萨氏海鞘与非尾索动物之间具有成熟序列相似性的miRNA只有约三分之一为同源miRNA。而数量众多的同序列异源miRNA暗示着miRNA进化中可能存在具有序列特异性的选择压力。靶基因的序列特异性可能是miRNA趋同进化的动力。　　 保守性miRNA靶基因与其他物种已有的靶基因实验证据的比较分析表明，保守性miRNA家族的靶基因序列可能发生变异而脱离调控，然而miRNA通过调控与原靶基因密切相关的基因（例如其受体）仍可能保持对原生物学过程的调控。Ciona属海鞘特有的csa_m-27c是脊椎动物miR-27家族的异源同功miRNA——具有相似的调控作用，但不是同源基因。这暗示miRNA介导的转录后调控体系可能超越序列水平而在生物学过程水平上的具有保守性。