梅花鹿鹿茸产量相关SNP的开发与验证

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本研究利用质谱SNP分型技术对梅花鹿产茸性状的候选变异位点进行检测,并与之进行关联分析,以期挖掘到影响梅花鹿鹿茸产量的有效分子标记,为梅花鹿早期选种提供科学依据。研究结果如下:1、本研究以四平梅花鹿和东大梅花鹿两个群体为研究对象,对其产茸性能进行分析,结果表明:四平梅花鹿群体1~9锯三杈鲜茸平均单产为3.79±1.28 kg,三杈鲜茸最高平均单产为5.11±2.27 kg;1~7锯三杈鲜茸重与年龄呈正线性相关,线性方程为y=0.72x+0.36(n=105,R~2=0.96,P<0.01);最佳生茸年龄范围为4~9锯,最佳生茸年龄为7锯。东大梅花鹿群体1~7锯三杈鲜茸平均单产为4.84±1.4 kg,三杈鲜茸最高平均单产为6.12±2.19 kg;1~6锯三杈鲜茸重与年龄呈正线性相关,线性方程为y=0.77x+1.95(n=70,R~2=0.99,P<0.01);最佳生茸年龄范围为2~7锯,最佳生茸年龄为6锯。2、运用质谱SNP分型技术,对四平和东大两个群体共265只梅花鹿的94个与产茸性状显著相关的候选SNP位点进行分型检测,结果表明:71个SNP位点分型成功,其中66个位点具有多态性,利用66个SNP位点对梅花鹿群体的遗传多样性进行评估,结果显示:有38个低度多态性位点,28个中度多态性位点,无高度多态性位点,多态信息含量(PIC)平均值为0.22;观测杂合度(Ho)平均值为0.26,期望杂合度(He)平均值为0.27;有效等位基因数(Ne)平均值为1.8,接近实际检测等位基因数2。综合上述指标表明所选梅花鹿群体遗传多样性低。3、运用一般线性模型对SNP位点与梅花鹿产茸性状进行关联分析,结果表明66个SNP位点中有7个位点与产茸性状显著相关(P<0.05),位点SNP1427_255498(C>G)、SNP324_2119243(C>T)、SNP307_1564879(C>T)、SNP123_784899(C>T)、SNP219_9123735(C>T)、SNP2027_42481(A>G)、SNP614_2586055(A>G)在产茸性能方面的优势基因型依次为CC、CC、CC、TT、TT、GG、AA。对7个显著SNP位点所在位置及最近基因功能分析,发现位点SNP1427_255498位于BSPRY基因上游区,其余6个位点均位于内含子区域,进一步分析BSPRY基因的功能,发现其可能参与调节成骨细胞生成及软骨钙化。4、采用SNPs位点基因型组合的方法,将3个位点(SNP307_1564879、SNP614_2586055、SNP2027_42481)基因型进行组合,并对不同类型基因型组合个体平均产茸量进行方差分析,发现GGAACC基因型组合个体平均产茸量为4.91±2.13 kg,显著高于其它基因型组合个体的平均产茸量(P<0.05)。表明所选梅花鹿群体,在产茸性能方面GGAACC为优势基因型组合。5、为进一步确定GGAACC基因型组合能否作为未来选择高产茸量梅花鹿个体的有效分子标记,从不同鹿场随机采集100只梅花鹿公鹿血样组成验证群体,利用质谱SNP分型技术对100只梅花鹿3个位点(SNP2027_42481、SNP614_2586055、SNP307_1564879)进行分型检测,并对不同类型基因型组合个体平均产茸量进行方差分析,结果表明:GGAACC基因型组合个体平均产茸量为6.51±1.42 kg,显著高于其它基因型组合个体的平均产茸量(P<0.05)。综上所述,GGAACC基因型组合可以作为未来选择高产茸量梅花鹿的分子标记。
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