基于转录组数据挖掘乳腺癌免疫微环境及关键基因研究

来源 :重庆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gnayief
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乳腺癌已经成为全世界妇女中最常见、最多发的肿瘤,被称为是全球女性的第一号健康杀手[1-5]。与西方发达国家乳腺癌发病率增高而死亡率却在下降的趋势不同,我国乳腺癌发病率和死亡率均呈明显上升的趋势。乳腺癌的其发生发展是多基因改变和环境因素联合作用的结果[6-10]。尽管肿瘤工作者针对乳腺癌的病因开展了广泛和深入的研究,但其确切的发病机制尚不清楚,实施有针对性的预防及治疗存在难度[1,11-15]。乳腺癌中存在肿瘤特异性免疫反应被抑制的现象,甚至在癌症发展过程的早期就已存在[16-19]。本研究首先运用生物信息学分析鉴定乳腺癌相关的免疫细胞亚群,寻找在乳腺癌免疫微环境中的关键基因,研究关键基因对免疫细胞的活化、癌细胞增殖、肿瘤形成、迁移等的影响。研究结果将有助于揭示乳腺肿瘤免疫微环境,并为针对乳腺癌综合治疗,提供潜在的靶标。目的:对乳腺癌的免疫细胞谱进行差异表达研究,筛选出具有差异表达的关键基因,并初步探讨PDP1在乳腺癌中的临床意义及生物学功能。方法:从TCGA数据库中下载乳腺癌的基因检测数据(RNA-seqv2),整理成供后续分析的标准化原始数据。利用ESTIMATE algorithm对968例乳腺癌样本进行免疫评分计算,获取968例样本的Immune scores(以下简称IS)和Stromal scores(以下简称SS)。计算IS的评分高低对乳腺癌的生存有显著意义,故根据IS的中位值,将968个样本分为IS-high、IS-low,并筛选IS-high Vs IS-low差异基因,得到差异表达基因。对Tumor-968 Vs Normal-106进行差异分析,得到癌比癌旁的差异基因信息。分析得到的免疫评分高低显著差异基因,与得到的癌比癌旁显著差异基因取交集。GO和KEGG功能富集分析差异基因参与的生物学功能。免疫组织化学染色分析PDP1在乳腺癌及癌旁组织中的定位及表达情况,并对表达量进行评分,统计学分析PDP1的表达和乳腺癌临床病理特征的相关性。基于CRISPR技术构建PDP1乳腺癌细胞株敲除模型,CFSE检测PDP1对乳腺癌细胞增殖能力的影响,流式细胞术检测PDP1对乳腺癌细胞周期进程的影响。结果:对968例乳腺癌样本进行免疫评分计算后发现,Immune scores与乳腺癌5年生存率显著相关,且高IS组生存时间明显高于低IS组,Stromal scores与乳腺癌5年生存率无相关性。高IS和低IS两个组的差异基因和乳腺癌与正常的差异基因取交集,筛选到372个差异基因,GO和Pathway富集分析发现差异基因主要和T细胞受体信号、干扰素gamma信号通路、细胞因子-细胞因子受体互作信号通路、Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis等免疫功能相关。Kaplan-Meier生存曲线发现PDP1、CLEC3A、MCTS1和TCP1的表达与乳腺癌患者5年生存率显著相关。免疫组织化学染色分析发现PDP1在乳腺癌组织标本中的细胞质中高表达,在70例乳腺癌组织中有42例高表达(60%)。敲除乳腺癌细胞MDA-MB-231中PDP1的表达后,乳腺癌细胞的增殖能力显著降低,细胞周期G1到S期的转换受到阻滞。结论:PDP1在乳腺癌患者中表达升高,且其高表达和乳腺癌不良预后显著相关,敲除PDP1后阻滞了乳腺癌细胞的周期和增殖,可以作为乳腺癌的潜在治疗靶标。
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