目前，已有多种方法用于确定区域内生物多样性的保护优先区，系统保护规划作为一种新的方式，显示出了它的优越性。系统规划理念，整合了保护效益和保护经济成本的重要性问题，指出了保护规划除考虑自然物理性质和生物学范式之外，还要系统地考虑到保护区大小、景观连通性、边界长度以及建立保护区所需的经济和社会成本。系统保护规划是一种基于数学模拟算法的规划方法，且随着MARXAN等规划决策支持软件包的迅速发展，更为系统保护规划提供了有力的支持工具。近年来，该方法发展迅速，已广泛应用于一些保护优先区的规划实践。本论文则从系统规划理念的角度出发，旨在对湖北省生物多样性的现状做出科学的评价，采用算法选择保护优先区需要量化的保护物种目标，在物种栖息地评价的基础上，利用系统保护规划工具MARXAN模型进行迭代运算，提出了湖北省生物多样性保护优先区域，并对保护优先区进行评价。　　 选择湖北省140个濒危、极危物种作为目标指示物种，其中植物103种、动物37种，并按其重要保护级别和濒危程度分为3个等级类型。结合实际和专家意见，去掉虎、扬子鳄、丹项鹤三种湖北省近几十年不再出现的动物物种和在省内均为栽培种的杨桃。在物种栖息地评价的基础上，综合考虑每个等级类型的特定保护目标，其中Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级指示物种的保护目标分别为60％、40％、20％，以县域人均GDP为相对保护成本，利用系统保护规划工具MARXAN模型进行迭代运算，探讨选择达到保护目标的最低经济成本区域。通过运算每个规划单元的不可替代性，提出了湖北省生物多样性保护优先区域，并对保护优先区进行评价。　　 结果表明:湖北省保护优先区面积73915.55km2，占湖北省国土面积的39.74％。保护优先区共选定4个，包括14个县、县级市，保护优先区集中分布在鄂西南的巴东县、宣恩县和秭归县，鄂西北的房县，鄂东南的黄梅县、蕲春县、浠水县、团风县、阳新县，江汉平原的松滋市、公安县、石首市、监利县、洪湖市等的南部湿地地区。在保护优先区中，16个Ⅰ级目标指示物种栖息地的保护比例均达到既定的保护目标，即超过各自栖息地总面积的60％。　　 通过对保护优先区与现有的自然保护区的叠加，来分析优先区内生物多样性的保护情况。已建自然保护区的县、县级市有巴东县、宣恩县、房县、黄梅县、阳新县、石首市和洪湖市，尚有自然保护区空缺的县有秭归县、团风县、蕲春县、浠水县、松滋市、公安县和监利县。通过对优先区内物种的濒危性、分布情况等特性的具体分析，并结合实际情况，提出合理的可行性建议。建议可扩充黄梅县、阳新县和洪湖市的保护群，新建秭归县，团风县、蕲春县和浠水县的保护体系。对于已建立自然保护区的优先区，可率先建立区域内保护网络，并加强与保护对象相同的其它地区的联系，与科研机构合作，了解各重要濒危、极危物种的生活习性，以达到最佳保护的目的。