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自发现并开始使用抗生素后,细菌耐药性就已经产生并且随着抗生素的广泛使用而日益严重,严重威胁着人类和动物的健康,如今细菌耐药性问题已成为全球性研究热点。本研究从九龙江流域选取21个站点采集表面水体样品,通过抗生素筛选平板筛选出191株无重复耐药细菌。利用16S r DNA分子鉴定以及OTU聚类分析和系统发育树确定191株耐药细菌属于20个菌属,以不动杆菌属(25.7%)、气单胞菌属(16.2%)、丛毛单胞菌属(14.7%)和假单胞菌属(12.0%)等菌属为主。药敏试验结果显示该191株耐药细菌对八大类19种抗生素的耐药率为8.9%-99.5%;所有菌株都对3种或以上抗生素有抗性;总体上看191株耐药细菌对八大类抗生素的耐药程度为β-内酰胺类>利福霉素类>磺胺类>氯霉素类>大环内酯类>四环素类>氨基糖苷类>喹诺酮类。采用PCR法检测191株耐药细菌中与上述八大类抗生素耐药性相关的23种抗性基因的存在情况。结果显示191株耐药细菌中bla TEM基因(89.0%)的检出率最高,其次是arr2/3基因(66.5%),再者是qnr S基因(55.0%);全部菌株都携带至少1种耐药基因;总体上看,191株耐药细菌中八大类耐药基因的阳性率顺序为β-内酰胺类>利福霉素类>喹诺酮类>磺胺及甲氧苄啶类>氨基糖苷类>四环素类>氯霉素类>大环内酯类,与耐药表型比较并非完全对应,猜测是由于细菌有更多的耐药基因和耐药机制以及某些耐药基因表达水平低下或表达失败等原因所导致。此外,191株耐药细菌均检测出1型整合酶基因,5株检测出2型整合酶基因,无菌株检测到3型整合酶基因。191株1型整合酶基因阳性菌株中有70株成功扩增出可变区,基因盒排列共有31种,以dfr A12-orf F-aad A2最为普遍,还包括9种新型基因盒排列:aad A5-orf D、qac H-cml A1-aad A2、aac A4-aad A1-tna A′、aac A4-ere A1-bla OXA-2-aad A1、dfr A5-aac A4-nit1-nit2-cat B3、dfr A17-aac A4-nit1-nit2-cat B3、unknown-aac A4-ere A1-bla OXA-2-dfr A1、dfr A16-bla PSE-1-aad A2-cml A1-aad A1、dfr A16-bla PSE-1-aad A2-cml A1-orf A′-tna IS4′。而31种排列共涉及34种基因盒,包括27种抗性基因、4种编码未知功能的假设蛋白基因、2种类似转座酶基因和1种新型基因。其中以aad A2出现的频率最高,该基因赋予细菌对链霉素和奇霉素的耐药性。5株2型整合酶基因阳性菌株全部扩增到可变区,基因盒排列均为dfr A1-sat2-aad A1,其中有一株同时携带1型整合子和2型整合子。通过本研究结果可发现,九龙江流域水环境中耐药细菌的种类多样,并且耐药细菌的耐药程度乃至多重耐药程度亦较为严重。另外,整合子在耐药菌株中广泛出现,是导致细菌多重耐药的重要因素之一;而新基因盒的发现预示着全球范围内的耐药菌株中还潜在很多未知功能的耐药基因,这对人类健康和畜牧业、水产养殖业等构成了威胁,我们应加强抗菌药物的使用管制和基因水平的耐药检测并尽快找出解决方法。