【摘 要】
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目的:利用scRNA测序方法构建基因对照分析模型,从而综合评估糖尿病心肌细胞内自噬流受损的具体环节及自噬状态。方法:NM正常组(db/m)与DM(db/db)糖尿病组(SPF级成年雄性小鼠)各一只处死后分别取心脏并剪制成约1mm~3心肌组织块。对组织块进行细胞核分离制备成细胞悬液。将备好的细胞悬液完成单细胞测序。下机数据在R语言下数据挖掘。结果:总共分析了21,143个单细胞转录本。使用之前的标准
【基金项目】
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新疆围术期器官保护实验室(实验室编号 XJDX1411)
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目的:利用scRNA测序方法构建基因对照分析模型,从而综合评估糖尿病心肌细胞内自噬流受损的具体环节及自噬状态。方法:NM正常组(db/m)与DM(db/db)糖尿病组(SPF级成年雄性小鼠)各一只处死后分别取心脏并剪制成约1mm~3心肌组织块。对组织块进行细胞核分离制备成细胞悬液。将备好的细胞悬液完成单细胞测序。下机数据在R语言下数据挖掘。结果:总共分析了21,143个单细胞转录本。使用之前的标准注释方法,我们定义了24个细胞簇,共注释了6个心肌细胞亚群(C2、C3、C4、C5、C11、C18);且与对照组db/m小鼠心肌相比,细胞亚群3、5、11、18在细胞数量上存在显著差异。在kegg数据库中,C3、5、11亚群中与自噬相关联的每个输入基因列表中基因的数量分别为19、5、17个,但P值显示各组分均未在列表中获得显著富集(统计学角度)。Atg16l2、Ulk1、Atg10、Atg13、Lamp2和Atg16l1在C3亚群细胞中得到差异表达,Atg16l2(FC=4.60),表现为超高表达水平;Lamp2、Atg10和Atg16l1(FC为1.30、1.38、1.88)稍高表达,聚类分析显示这三个基因功能上密切相关。在C11亚群中Lamp2、Atg10和Atg16l1(FC为1.14、1.32、1.33)稍高表达水平,同样这三个基因在功能上得到聚类;Lamp1、Zfp62(FC分别为1.33、0.98)表达水平升高不明显,Atg16l2(FC为1.14)在C11亚群中的表达上调也不显著,而Atg5(FC为0.63)显现出表达水平下调状态。C3亚群心肌细胞更多与自噬体降解、依赖溶酶体途径自噬、自噬机制利用过程相关,C11亚群心肌细胞功能富集集中在依赖溶酶体自噬、自噬体组装相关。小结:我们构建的基于scRNA测序数据挖掘方法的基因对照分析模型筛选出特异心肌细胞群C3亚群,而该特异细胞群的Atg16l2、Ulk1、Atg10、Atg13、Lamp2和Atg16l1基因在糖尿病组心肌细胞内表达明显增多,相关功能集中在自噬体降解再利用等自噬流的后期过程。
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