羽藓科是灰藓目中的一个大科，在世界范围内广泛分布，其系统位置介于薄罗藓科Leskeaceae和柳叶藓科Amblystegiaceae之间。由于其科内系统关系一直存在不同观点，我们确立了本研究项目，拟从其核核糖体DNA的ITS序列入手，在分子水平上来探讨其系统发育关系。本论文在实验过程中摸索了一套适合于苔藓植物的DNA提取方法，并找到适合于扩增苔藓植物ITS片段的DNA聚合酶及其最适反应条件。实验结果共得到广义羽藓科的六个种的ITS片段，全部片段均通过PCR产物直接测序的方法获得序列，它们分别是：Abietinella abietina（AJ417494），Anomodon minor（AJ344145），Claopodium aciculum（AJ315968），Thuidium pristocalyx（AJ416443），Thuidium assimile（AJ416442）和Herpetineuron toccoae（AJ315967），其中，后五个种的ITS序列为国际首次获得，扩弧内的数字为我们测得的ITS序列的GenBank登录号。本项研究是以我们获得的序列连同网上下载的一些序列共同分析并构建分子系统树，初步探讨羽藓科的系统发育。从ITS序列严格一致树（consensus tree）表明广义的羽藓科为并系发育，可分为两个主要的分支，牛舌藓属Anomodon、羊角藓属Herpetineuron和多枝藓属Haplohymenium为一支，而山羽藓属Abietinella、羽藓属Thuidium和沼羽藓属Helodium等为另一主要分支。这基本上对牛舌藓亚科作为一个独立的分类群从羽藓科中分离出来是肯定的。