自然资源的习惯使用是基于人们生产生活对自然资源的依赖,在国家法对于自然资源使用方式的规定留有空白的情况下,并且出于对自然资源习惯使用自治秩序的尊重而产生的自然资源使用形态。目前,自然资源的习惯使用在农村地区以及资源依赖地区较为常见,其自身之间以及与许可使用之间在实际使用秩序中易产生冲突。造成这一现状的原因主要是关于自然资源习惯使用的基本理论不明晰,缺失解决冲突的使用秩序规范机制。就自然资源习惯使用的基本理论而言,应当从性质、主体和客体范围,以及与其他使用的界分来进行明晰。习惯使用的性质体现在其基于特定事实存在、由法律所认可、以及使用目的是出于弥补人们生存所需。习惯使用的主体范围应当在满足主体界定标准的基础上限定于生活在特定区域需要使用自然资源以弥补生存需求的个人。习惯使用的客体范围应是在法无禁止并且与使用主体具有紧密联系的少量自然资源,同时应为非具有特殊性和稀缺性的自然资源。就自然资源习惯使用解决冲突的使用秩序规范机制构建而言,当其与许可使用之间产生冲突时,在两者能共存的情况下,基于保障生存的目的,在使用秩序上应以习惯使用优先,不能共存时应当补偿习惯使用;当习惯使用之间存在冲突时,因其同为使用自然资源以弥补生存需要,难以区分哪种习惯使用更应被优先保障,所以应当基于公平正义、实质平等的理念,由习惯使用主体先进行协商轮流使用自然资源,协商不成时则共同进行习惯使用行为。