在经济全球化和区域经济一体化竞争格局下,自主创新能力已成为影响产业发展水平及其竞争力的关键因素。提升产业自主创新能力,能够加快推进科技成果转化为现实生产力,是实现产业结构优化升级、经济增长方式转变的重要途径。高技术产业作为国民经济的战略性先导产业,具有知识密集、技术先进、产品附加值高、产业关联效应强等显著特征,是当今世界各国综合国力竞争的制高点,是衡量一个国家或区域经济发展水平的重要标志。“十二五”以来,我国高技术产业整体上取得了持续迅猛发展,对经济增长的拉动作用也进一步增强,高技术产业的创新发展问题引起了各级政府和学术界的高度关注,并已成为国内理论界研究热点。科学评价高技术产业的自主创新能力,不仅有助于了解其自主创新现状,发现存在的问题与不足,进而提升其自主创新能力,促进高技术产业由大向强转变,同时也有助于关联产业之间的协同创新发展,对于推动产业结构升级和区域经济发展具有重要的现实意义。本文采用理论研究与实证分析相结合的方法,在产业组织与关联理论、产业集群理论、产业创新理论、技术创新理论以及在国内外相关文献研究的基础上,建立了高技术产业自主创新能力评价指标体系和评价模型,对我国区域高技术产业自主创新能力进行了评价分析,得出各公因子得分以及综合得分,并在此基础上进一步运用α收敛和绝对β收敛对高技术产业自主创新能力区域差异进行了收敛性分析。本文研究内容主要分为六个部分：第一部分为绪论。主要阐述了本文的研究背景与意义、主要研究内容与方法、技术路线图以及文章的创新之处与研究不足等。第二部分为相关理论基础和文献综述。系统地介绍了本研究的相关理论基础,主要包括产业组织与关联理论、产业集群理论、产业创新理论和技术创新理论,并简要回顾了国内外与自主创新以及自主创新能力相关的主要研究成果。第三部分构建了高技术产业自主创新能力评价指标体系以及评价模型。根据评价指标体系构建的目标和原则,在现有高技术产业相关研究的基础上,构建了高技术产业自主创新能力综合评价指标体系,包括创新基础、创新投入、创新转化和创新产出4个一级指标,以及23个二级指标,并建立了高技术产业自主创新能力的因子聚类分析综合评价模型。第四部分对我国区域高技术产业自主创新能力进行了实证分析。根据前文构建的评价指标体系及评价模型,利用SPSS软件对2013年我国30个地区高技术产业自主创新能力进行了比较分析,得出各公因子得分以及综合得分,并给出了排名。进一步利用σ收敛和绝对β收敛对2004-2013年我国高技术产业自主创新能力区域差异进行了收敛分析。第五部分为政策建议。根据实证分析的结果,提出了提升我国高技术产业自主创新能力的相关政策建议。第六部分为研究结论与展望。简要概括了本文研究的主要结论以及进一步研究展望。本文主要研究结论有：(1)我国高技术产业自主创新能力与区域经济发展呈现一种正相关关系,区域间差异较大,在空间上呈现出东部→中部→西部梯度递减的特征。(2)区域内部结构失衡,三大区域内部各省市间的高技术产业自主创新能力差异较大。(3)我国高技术产业自主创新能力整体呈现出偏低性特征,全国仅有1/3的地区高技术产业自主创新能力处于全国平均水平之上。(4)通过聚类分析将我国高技术产业自主创新能力分为4大类,各类之间层次差异较大。(5)σ收敛结果表明,我国高技术产业自主创新能力区域间差异呈现一定的σ发散,即我国高技术产业自主创新能力区域差异在不断拉大。(6)绝对β收敛表明,东部地区内部各省市间的高技术产业自主创新能力呈显著的收敛趋势,收敛速度为11.3%,而中西部两个地区内部收敛趋势并不明显,即东部地区内部各省市之间的高技术产业自主创新能力差异缩小较快,而中西部则缩小较慢。