农作物的产量一直是人们最重视的农艺性状之一。目前，利用分子标记技术已经定位了多个农作物产量以及产量相关组分的QTL(quantitative trait loci)。但是，产量性状属于数量性状，直接进行图位克隆比较困难。最近，比较基因组学的发展为QTL的比较克隆提供了新的途径。本研究目的就是利用模式生物一水稻的基因组信息进行玉米中QTL的比较克隆，并试图通过该基因的克隆为解析玉米产量QTL的生物学基础提供有益信息。 本实验以玉米白交系Z3、871以及由其组配的192个重组自交系为材料，根据水稻第三条染色体上一个控制粒重、粒长、粒宽、粒厚的QTL(图位克隆后命名为GS3)所在BAC信息，利用生物信息学比对、标记定位方法确定了与水稻GS3区域同源的玉米区段，利用水稻GS3在玉米中的同源序列获取了玉米中GS3的部分基因组序列，并依据玉米GS3的序列信息在玉米自交系和大刍草中找出了GS3的序列差异。具体实验结果如下： 1、从水稻数据库下载了GS3上下游的18个基因的序列，其中9个可以在玉米中找到同源的EST/GSS序列，将这9个基因定位丁Z3、871的RIL群体中，发现其中5个定位于chr．1bnlg1811-umc2112，另外4个分布于其他染色体上。说明玉米第一染色体bnlg1811-umc2112与水稻GS3所在区域直系同源，其中3个基因的定位结果在B73/BY804的RIL群体中得到验证。 2、根据水稻GS3在玉米中同源的GSS序列，用TAIL-PCR对其进行了双向延伸，延伸后的序列有1977bp，包括ATG上游1000bp。根据预测的结果，在第一个内含子内部发现一个茎环结构，但此结构并非在所有材料中都存在。 3、在8个玉米材料中寻找GS3的序列多态性，发现：在预测的第一外显子区域不存在序列差异，但是，在启动子区域则存在多种差异，包括碱基的插入、缺失、置换。