芽囊原虫(Blastocystis sp.)是一种广泛分布的寄生于肠道的原虫,在欠发达地区的更为流行,引起腹痛腹泻等消化系统症状,对人的健康和动物的生长发育具有不良影响。芽囊原虫的宿主广泛,可感染人和其他哺乳动物及鸟类。近期的研究发现,珍稀野生动物在人和动物的芽囊原虫感染过程中具有公共卫生隐患。因此,掌握芽囊原虫的感染情况和种群结构对评估其人兽共患潜能、防控宿主及其具有重要意义。秦岭地区珍稀野生动物资源独特而丰富,本研究通过基于SSUrRNA基因序列的分子检测对该地区两个野生动物饲养点部分珍稀野生动物进行芽囊原虫感染情况进行调查,并对获得的阳性分离株进行种群结构分析。获得以下结果:1.2015年6月至2016年1月,对秦岭地区37个物种共497份粪便样品进行芽囊原虫分子检测,阳性样品PCR扩增结果为1,100bp的基因片段。7个动物类群总感染率为40.2%(200/497),其中非人灵长类(75.9%)和有袋类(72.7%)感染率最高,偶蹄类(56.3%)和单蹄类(22.2%)次之,鸟类感染率(2.2%)最低。象类和食肉类为芽囊原虫阴性。世界范围内首次在果下马、蒙古野驴、羚牛、羊驼、大羚羊、梅花鹿、马鹿、列氏水羚、牦牛和白唇鹿中发现芽囊原虫。两个采样点感染情况一致,均有季节性变化——夏季到冬季感染率逐渐下降。2.基于芽囊原虫阳性样品的SSUrRNA基因的种系进化关系分析,本研究共发现了13种亚型,包括8种已有亚型(亚型1~3,5,10和12~14)和5种可能的新亚型(暂时命名为亚型18~22)。在已有亚型中,亚型13和5具有人兽共患潜能;可能的新亚型中,亚型19和20可能具有人兽共患潜能。亚型10是优势亚型(38.5%),分布于17种野生动物,亚型5首次在鸵鸟内发现。